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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 分析鱼肠道细菌的种类-采样和保存问题
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hxppxh

木虫 (正式写手)

[交流] 分析鱼肠道细菌的种类-采样和保存问题 已有3人参与

我大概要取2-300百条鱼的肠道细菌。
（1）器具的处理问题。我打算用一次性的刀柄和刀片解剖鱼，但是镊子和剪刀重复使用，每次使用后用75%的酒精处理可以吗？有没有更好的处理方法？

采样问题：
很多文献上说先把肠道内容物挤出来（取肠道细菌），然后用PBS或者盐水洗3次（取肠壁细菌）。
（2) 请问一般怎么洗肠壁？是把1条鱼的肠分3次放到放3管溶液？

样品保存问题
很多人说保存在-20或者-80度。
我采样在渔场采，那里有-20度冰箱。
(3) 在渔场采样需要一周多的时间，从那里到实验室需要一天时间，我打算用95%酒精保存，不知道是否可行？
(4) 肠壁细菌如何采样和保存呢？

DNA 提取。
我有几百条鱼，还没有最后决定用多少条鱼。提取方法打算用CTAB方法提取。
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1楼 2013-06-21 01:48:24
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开云者

铜虫 (正式写手)
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laozuzunzhe: 金币+4, good! 2013-06-23 21:53:52
这个好弄，首先你不必担心污染，顶多放个酒精灯在旁边就行。你把肠子取出后，两端剪开，用两个镊子挤到2或者1.5mlEP管中就行，因为肠道中的菌很多，所以空气中细菌基本忽略了，再加上旁边有酒精灯，所以不必担心污染。提DNA是试剂盒首选德国QIAGEN的粪便试剂盒（忘记货号了），大约1500元，建议你把粪便弄到2ml管里（看说明书就知道为什么了），保存的-20没有任何问题。
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挥霍不起青春
2楼2013-06-23 16:49:20
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普通回帖

hxppxh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 开云者 at 2013-06-23 16:49:20
这个好弄，首先你不必担心污染，顶多放个酒精灯在旁边就行。你把肠子取出后，两端剪开，用两个镊子挤到2或者1.5mlEP管中就行，因为肠道中的菌很多，所以空气中细菌基本忽略了，再加上旁边有酒精灯，所以不必担心污染 ...

肠壁细菌怎么取呢？
肠道内容物可以保持在酒精里吗？
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3楼2013-06-24 00:30:34
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开云者

铜虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by hxppxh at 2013-06-24 00:30:34
肠壁细菌怎么取呢？
肠道内容物可以保持在酒精里吗？...

肠壁细菌？这个我不太懂。内容物不放到酒精里，直接放到2ml的EP管中就行
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挥霍不起青春
4楼2013-06-24 09:15:29
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hxppxh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 开云者 at 2013-06-24 09:15:29
肠壁细菌？这个我不太懂。内容物不放到酒精里，直接放到2ml的EP管中就行...

可能采样后一个月才提DNA，而且，运输过程中没有冰箱可放.....只放EP管中行吗？
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5楼2013-06-24 10:54:20
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开云者

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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5楼: Originally posted by hxppxh at 2013-06-24 10:54:20
可能采样后一个月才提DNA，而且，运输过程中没有冰箱可放.....只放EP管中行吗？...

这都不是问题，两个月后提DNA也行，最后弄几个冰袋在运输过程中，如果时间短也没事，放EP管就行
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挥霍不起青春
6楼2013-06-25 10:12:09
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hxppxh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 开云者 at 2013-06-25 10:12:09
这都不是问题，两个月后提DNA也行，最后弄几个冰袋在运输过程中，如果时间短也没事，放EP管就行...

多少时间算短？
路上要花24个小时！
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7楼2013-06-26 11:03:22
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爱睡猪

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
肯定要迅速给低温环境啊 就那样放着 菌群结构会改变的
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ControlMyself
8楼2013-06-27 09:42:40
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hxppxh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 爱睡猪 at 2013-06-27 09:42:40
肯定要迅速给低温环境啊 就那样放着 菌群结构会改变的

采样后多长时间之内要放到-20度？
-20度放了几天后，像楼上说的，运输时放冰袋在箱子里，运输10多个小时，对后续结果和DNA提取有影响吗？
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9楼2013-06-27 10:26:29
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开云者

铜虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by hxppxh at 2013-06-27 10:26:29
采样后多长时间之内要放到-20度？
-20度放了几天后，像楼上说的，运输时放冰袋在箱子里，运输10多个小时，对后续结果和DNA提取有影响吗？...

这都是不是问题，粪便里菌很多，半天时间吧，到不影响，10小时 没事
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挥霍不起青春
10楼2013-06-28 09:35:01
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