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tsadaye金虫 (初入文坛)
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[求助]
dpd模拟data文件出错
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我用ms的dpd模块建立的表面活性剂、水溶液模型，因为该模块不能输出car文件，所以我直接输出了msd文件，然后用里面的坐标手写data文件，不知道为什么运行时出现了 Unknown identifier in data file: 20249 0 3 12.6796 9.9493 21.4875 (../read_data.cpp:1549)的错误。我原子style定的是bond。data文件、in文件如下： data： LAMMPS 3d surfactant data file 20251 atoms 3038 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers 3 atom types 1 bond types 0 angle types 0 dihedral types 0 improper types 0.0000000E+00 15.00000 xlo xhi 0.0000000E+00 15.00000 ylo yhi 0.0000000E+00 30.00000 zlo zhi Masses 1 1.000000 2 1.000000 3 1.000000 Atoms 1 1 1 10.7537 12.0429 26.8374 2 2 1 1.6312 13.4848 7.3069 3 3 1 13.9371 14.8486 18.7519 4 4 1 10.1436 12.9190 29.5385 …… 20248 0 3 5.9272 11.4104 10.0652 20249 0 3 12.6796 9.9493 21.4875 20250 0 3 2.3158 4.0815 8.1375 20251 0 3 12.6128 6.2497 10.9017 Bonds 1 1 1 3039 2 1 2 3040 3 1 3 3041 …… 3035 1 3035 6073 3036 1 3036 6074 3037 1 3037 6075 3038 1 3038 6076 in文件： dimension 3 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 3 atom_style bond read_data data.micelle …… 程序到这就出错了，而且是提示第20248个原子出错，都是一样写的……求教原因，万分感谢 |
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cahndengbin
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我认为是以下几行出现问题： 0 angle types 0 dihedral types 0 improper types data的说明里提到 “do not include a bond,angle, dihedral, improper type line if number of bonds,angles, etc is 0” 尝试下删去这三行，看看运行的结果。 PS： http://lammps.sandia.gov/doc/2001/data_format.html 里面有关于data文件的格式说明，请查看 |
3楼2016-12-29 10:42:54
liuasia
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