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qianxiong铜虫 (小有名气)
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Atutodock 中 电荷 及 原子类型（氢键）的指定
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各位看官，向你们请教关于AutoDock中 氢键受体/供体 和 电荷 的定义问题。 传统上认为,氢原子与电负性很大、半径很小的原子 B(F,O,N)以共价键形成强极性键 H—B, 这个氢原子还可以吸引另一个键上具有孤对电子、电负性大、半径小的原子 A,形成具有 B—H...A 形式的物质,这时氢原子与 A 原子之间的吸引力叫做氢键。其中 B—H 被称为质子给体, A 被称为质子受体。当然氢键的形成还涉及到氢键的饱和性及连接角度限制问题 在 autodock 中受体通常为命名为 元素名+A 如 OA， NA 等。我在用Autodock处理ligang得到pdbqt有几处比较困惑： 1 根据受体的定义， 具有孤对电子、电负性大 是否意味着其 partial charge 就应该是 负值 且 较大？ 2 如果问题1的回答是肯定的话，又该如何解释下面贴出的部分pdbqt数据？ 在autodock中定义氢键受体是否还有其他考虑，如立体效应等，有autodock关于原子类型定义规则的文献报道？ ATOM 1 N X 0 -0.637 0.342 -0.652 0.00 0.00 0.127 NA ; 受体 N ATOM 4 N X 0 0.531 -1.642 -0.600 0.00 0.00 -0.115 NA ATOM 5 H X 0 -0.279 -2.117 -0.843 0.00 0.00 0.206 HD ATOM 6 N X 0 1.626 0.316 0.031 0.00 0.00 -0.223 N ATOM 9 N X 0 -1.667 -0.781 1.106 0.00 0.00 -0.233 N ATOM 10 H X 0 -0.847 -1.265 1.292 0.00 0.00 0.174 HD ATOM 11 H X 0 -2.447 -0.914 1.667 0.00 0.00 0.174 HD ATOM 12 N X 0 -2.904 0.695 -0.271 0.00 0.00 -0.233 N [ Last edited by qianxiong on 2013-6-16 at 09:48 ] |
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