| 查看: 710 | 回复: 0 | ||
qianxiong铜虫 (小有名气)
|
[求助]
Atutodock 中 电荷 及 原子类型（氢键）的指定
|
|
各位看官，向你们请教关于AutoDock中 氢键受体/供体 和 电荷 的定义问题。 传统上认为,氢原子与电负性很大、半径很小的原子 B(F,O,N)以共价键形成强极性键 H—B, 这个氢原子还可以吸引另一个键上具有孤对电子、电负性大、半径小的原子 A,形成具有 B—H...A 形式的物质,这时氢原子与 A 原子之间的吸引力叫做氢键。其中 B—H 被称为质子给体, A 被称为质子受体。当然氢键的形成还涉及到氢键的饱和性及连接角度限制问题 在 autodock 中受体通常为命名为 元素名+A 如 OA， NA 等。我在用Autodock处理ligang得到pdbqt有几处比较困惑： 1 根据受体的定义， 具有孤对电子、电负性大 是否意味着其 partial charge 就应该是 负值 且 较大？ 2 如果问题1的回答是肯定的话，又该如何解释下面贴出的部分pdbqt数据？ 在autodock中定义氢键受体是否还有其他考虑，如立体效应等，有autodock关于原子类型定义规则的文献报道？ ATOM 1 N X 0 -0.637 0.342 -0.652 0.00 0.00 0.127 NA ; 受体 N ATOM 4 N X 0 0.531 -1.642 -0.600 0.00 0.00 -0.115 NA ATOM 5 H X 0 -0.279 -2.117 -0.843 0.00 0.00 0.206 HD ATOM 6 N X 0 1.626 0.316 0.031 0.00 0.00 -0.223 N ATOM 9 N X 0 -1.667 -0.781 1.106 0.00 0.00 -0.233 N ATOM 10 H X 0 -0.847 -1.265 1.292 0.00 0.00 0.174 HD ATOM 11 H X 0 -2.447 -0.914 1.667 0.00 0.00 0.174 HD ATOM 12 N X 0 -2.904 0.695 -0.271 0.00 0.00 -0.233 N [ Last edited by qianxiong on 2013-6-16 at 09:48 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有8人回复
-
看来今天不会放榜了？
已经有11人回复
-
时间戳又变了
已经有19人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有14人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有13人回复
-
人气不行了
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有18人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有12人回复
-
我面上完蛋了
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有25人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
如何得到指定原子上的电荷密度差
已经有7人回复
- MS中修改原子的电荷应该改charge还是formalcharge？
已经有5人回复
- 怎么使用bader电荷分析出原子轨道上的电子数，或者其它能够得出轨道电子的软件？
已经有29人回复
- Gaussian中原子净电荷的指定
已经有3人回复
- 原子布居电荷分布
已经有3人回复
- pwscf可以算每个原子上面的电荷数么
已经有6人回复
- 【求教】电子密度，差分密度，原子电荷这三个之间有什么关系？
已经有7人回复
- 请教有机分子中O原子和H原子电荷数怎么计算，O-H键键级怎么计算！谢谢！
已经有4人回复
- 计算单个氢原子轨道电荷
已经有4人回复
- 【求助】在结构中想让N原子带一个电荷该怎么设置？
已经有4人回复
- 【求助】请问各位如何计算某分子中心原子价电荷密度
已经有5人回复
- 【求助】关于苯并咪唑氮原子上负电荷的供电性
已经有6人回复
- 【求助】原子的电荷密度分布怎么求？
已经有3人回复
- 【求助】请问如何由电荷密度图看出原子之间是否成键及成键类型？
已经有7人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
40