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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

[求助] 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了

各位大侠，我要崩溃了，不是说我没之前没看过帖，而是看了帖之后把我搞混了。
      1 CDS区到时含不含内含子？有一个老师说不含，一个说含，我看了论坛，两种说法我都好像看过。我认为是不含的。
      2 如果CDS区不含内含子，有些基因在NCBI里查到的，标题上注明是全长CDS区，但下面的注释里却显示含有很多个CDS区，基因序列也显示含有多个CDS区，如图1，难道CDS区真含有内含子才是正解？但为什么我克隆了一个基因，反转录得到的，不含内含子了，获得的基因就跟图1情况一样，终止密码子还更多，导致多个CDS区存在，怎么会这样呢？如图2
      3 若在一个基因序列里，含有多个CDS区（就是在多个不同位置含终止密码子），连接到表达载体是不是指翻译其识别的第一个CDS？
大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了
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大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了-1
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思路决定出路。。。
1楼 2013-06-14 16:15:35
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 547star at 2013-06-23 09:30:07
普通RT-PCR扩增目的基因，如果是从gDNA而不是mRNA扩增，电泳大小可以大概看出来。而如果是做定量PCR就要考虑用DNaseI之类消化gDNA，或者设计跨内含子引物。跨内含子引物一般只要一条是跨内含子就可以避免从gDNA扩增 ...

嗯，谢谢！我的是普通RT-PCR，mRNA反转录扩增，应该是1600bp左右，从gDNA扩增则约2400bp，的确是可以分开的，但是我这么多次RT-PCR扩增，都是扩的含内含子的gDNA序列，我不做定量PCR，就是想把不含内含子的编码区全长扩出来。
    您觉得可能是我的RNA含有基因组DNA，导致老是扩出我要的酶基因的gDNA的原因吗？
    另外，在NCBI里的引物设计那里，我也试点过那个可以给出跨内含子引物的选项，见图2，但往往出不来引物，提示说明见图3，我也不知道自己哪里设置错了。。。
大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了-2
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大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了-3
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思路决定出路。。。
25楼2013-06-23 09:43:39
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laoshi0633

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
lmcyjxs: 金币+1, ★有帮助, 谢谢！ 2013-06-14 17:10:09
您难道不知道特殊位置的TGA可以编码硒代半胱氨酸，Selenocysteine，
国内外很多人在研究这一课题
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学习是一种信仰
2楼2013-06-14 16:27:25
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laoshi0633

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
lmcyjxs: 金币+1, ★有帮助, 期待这位大牛继续多多指点，新手表示好好学习，天天向上~ 2013-06-14 17:11:26
1，你的认为是错误的。
2，基础知识有待积累
3，答案是可定的终止，除非你做特殊处理
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学习是一种信仰
3楼2013-06-14 16:31:36
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by laoshi0633 at 2013-06-14 16:27:25
您难道不知道特殊位置的TGA可以编码硒代半胱氨酸，Selenocysteine，
国内外很多人在研究这一课题

弱弱地惭愧地表示真不知道~会好好补充这一知识，谢谢。
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思路决定出路。。。
4楼2013-06-14 17:07:52
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