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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

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[求助] 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了

各位大侠，我要崩溃了，不是说我没之前没看过帖，而是看了帖之后把我搞混了。
   1 CDS区到时含不含内含子？有一个老师说不含，一个说含，我看了论坛，两种说法我都好像看过。我认为是不含的。
   2 如果CDS区不含内含子，有些基因在NCBI里查到的，标题上注明是全长CDS区，但下面的注释里却显示含有很多个CDS区，基因序列也显示含有多个CDS区，如图1，难道CDS区真含有内含子才是正解？但为什么我克隆了一个基因，反转录得到的，不含内含子了，获得的基因就跟图1情况一样，终止密码子还更多，导致多个CDS区存在，怎么会这样呢？如图2
   3 若在一个基因序列里，含有多个CDS区（就是在多个不同位置含终止密码子），连接到表达载体是不是指翻译其识别的第一个CDS？

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思路决定出路。。。

1楼 2013-06-14 16:15:35

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lmcyjxs

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引用回帖:

20楼: Originally posted by 547star at 2013-06-20 23:54:23
137167741说的没错。看了VERSION JN391444.1 GI:386956632 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN391444.1，这是DNA序列。一般说的mRNA是剪切加工成熟的，就是其中1..283和904..2353剪切后连起来的部分，而 ...

嗯，您分析地很点中我的迷惑点！
现在我明白：1 公布的序列有complet cds的并不代表就是只有CDS，可能是含有CDS全长的基因组序列。
2 之前我纠结于自己cDNA扩增的序列，竟然是总基因组DNA，不理解。现在通过分析，自己克隆的基因比对后，就是跟一基因组DNA相似度很高，足可以说明，我的mRNA里有DNA污染。之前，我没想过还会有这种情况

3 现在，我总结原因，一是通过DNAse I消化酶消化RNA中的DNA；二是设计跨内含子的引物，这里关于设计跨内含子的引物，我有点不理解，如附图，当然，我试着做一下就知道了，现在引物还没合成好，呵呵，我很想了解其中的原理是不是跟自己想的一样，希望能得到这位大侠的指点。