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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 怎么计算以八面体为xyz轴为基准的3d轨道分波态密度图？
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su2376053

新虫 (小有名气)

[交流] 怎么计算以八面体为xyz轴为基准的3d轨道分波态密度图？

按照晶体场理论理论，NaCoO2的Co是以正八面体[CoO6]存在，其能级会劈裂成T2g与eg。
但是这个正八面体场的xyz轴，与我们在计算中所选取的晶胞的xyz轴的取向是不一致的，那么这个时候vasp的xy,xz,yz一类的轨道，其取向还是以晶胞的xyz轴为准，
如何画出dxy,dyz,dxz在以八面体xyz为基准的分波态密度图呢？也就是说如何正确的给出以正八面体的xyz轴为基准的5个3d轨道呢？求教了！！
看到有人说将可以转动原来的坐标使八面体和xyz三个方向对齐就行了，这个怎么实现呢？通过什么MS 或diamond软件可以实现吗？具体操作是怎么样的？
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1楼 2013-06-09 10:36:27
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DarkArchon

铁虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-06-13 00:09:00
你先要找到一个旋转矩阵，通过这个矩阵可以把你现在的坐标与八面体坐标对齐。然后写个小程序，用POSCAR中的坐标乘以这个矩阵，得到新的POSCAR就可以了。注意，lattice constant 也需要乘以这个矩阵。
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8楼2013-06-11 16:53:33
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:32
似乎没有软件可以做这样的事情吧？原理上是先把球谐函数做个坐标变换，然后再计算RWIGS里Bloch states对坐标变换后球谐函数的投影就可以了。
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2楼2013-06-09 12:53:01
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su2376053

新虫 (小有名气)
很专业啊，不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢？
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3楼2013-06-09 19:50:49
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-09 19:50:49
很专业啊，不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢？

晶体坐标系->正八面体坐标系，理论上是由欧拉角定义的坐标系变换。
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4楼2013-06-09 20:21:04
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chenyuchen

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:48
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2013-06-09 12:53:01
似乎没有软件可以做这样的事情吧？原理上是先把球谐函数做个坐标变换，然后再计算RWIGS里Bloch states对坐标变换后球谐函数的投影就可以了。

wien2k可以算，不知道vasp能不能
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6楼2013-06-10 15:44:21
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su2376053

新虫 (小有名气)
求助啊，vasp怎么算？
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7楼2013-06-10 21:41:44
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)
多谢指教
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9楼2013-06-13 13:47:12
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-06-14 09:33:01
转换poscar基矢，使其与氧八面体三个轴方向一致，如果体系有多个氧八面体，则每次只能计算一个氧八面体的d轨道态密度。不过，一般情况下够了。
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10楼2013-06-13 18:04:03
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su2376053

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhang668 at 2013-06-13 18:04:03
转换poscar基矢，使其与氧八面体三个轴方向一致，如果体系有多个氧八面体，则每次只能计算一个氧八面体的d轨道态密度。不过，一般情况下够了。

转换poscar基矢，使其与氧八面体三个轴方向一致?这个怎么实现？具体操作是怎么样的？偶是新手入门，求详解.不甚感激。
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11楼2013-06-14 08:33:36
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zhang668

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-14 08:33:36
转换poscar基矢，使其与氧八面体三个轴方向一致?这个怎么实现？具体操作是怎么样的？偶是新手入门，求详解.不甚感激。...

设置基矢为氧八面体三个轴的指教坐标方向就可以了。
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12楼2013-06-15 21:59:47
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su2376053

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by zhang668 at 2013-06-15 21:59:47
设置基矢为氧八面体三个轴的指教坐标方向就可以了。...

怎么设置啊？是不是如八楼所说“找到一个旋转矩阵，通过这个矩阵可以把你现在的坐标与八面体坐标对齐。然后写个小程序，用POSCAR中的坐标乘以这个矩阵”，还是可以通过什么软件实现呢？ 什么旋转矩阵啊，小程序，我不会啊？ 有什么其它简单办法？
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13楼2013-06-16 13:02:11
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+3, 应助指数+1, 谢谢回帖交流，， 2013-06-17 22:29:10
引用回帖:
13楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-16 13:02:11
怎么设置啊？是不是如八楼所说“找到一个旋转矩阵，通过这个矩阵可以把你现在的坐标与八面体坐标对齐。然后写个小程序，用POSCAR中的坐标乘以这个矩阵”，还是可以通过什么软件实现呢？ 什么旋转矩阵啊，小程序，我 ...

不需要小程序，原子坐标一般是根据基矢写出的，而基矢是由笛卡尔直角坐标系定的，所以可以不用变换原子坐标，旋转直角坐标系就可以。
具体就是对氧八面体三个轴方向的坐标矩阵|r|求逆，即基矢|R|=|r|^-1,保证旋转直角坐标系后，三个轴变为xyz方向。
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14楼2013-06-17 21:23:15
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su2376053

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by zhang668 at 2013-06-17 21:23:15
不需要小程序，原子坐标一般是根据基矢写出的，而基矢是由笛卡尔直角坐标系定的，所以可以不用变换原子坐标，旋转直角坐标系就可以。
具体就是对氧八面体三个轴方向的坐标矩阵|r|求逆，即基矢|R|=|r|^-1,保证旋转 ...

不懂啊，具体来说，可以在MS中操作吗？
比如，2*2*1的NaCoO2,poscar为
   1.00000000000000     
     5.0385150454008558   -2.9089886940228626   -0.0000001080556609
    -0.0000008891635917    5.8179758070884535   -0.0000006901366622
    -0.0000011673150275   -0.0000019607122694   15.5795265181527469
   O    Na   Co   
   24    12   12  
Direct
  0.0000000558683370  0.0000001083140957  0.2311180021363231
  0.3333332134216621  0.1666665592177703  0.5644512813829238
  0.1666667708068246  0.3333335009419873  0.8977847177681874
-0.0000000161773892  0.0000000154788931  0.7688819972468519
  0.3333334707788145  0.1666667721005274  0.1022153547340708
  0.1666665417047428  0.3333331166924617  0.4355486520578117
  0.5000001513056624  0.0000002373534232  0.2311179947038750
  0.8333333802754328  0.1666665808079092  0.5644512725347673
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  0.8333333073188557  0.6666666672626546  0.3333332729585354
  0.6666666652764484  0.8333333618936579  0.6666666355157156
-0.0000000241240310 -0.0000000848019089  0.4999998439112754
  0.3333333246838259  0.1666666718378794  0.8333333870137564
  0.1666666750014688  0.3333333799523716  0.1666667667605370
  0.4999999531233986 -0.0000000605968851  0.4999998345948434
  0.8333333479635504  0.1666666823511335  0.8333333893700201
  0.6666667036566516  0.3333333750635071  0.1666667682972936
-0.0000000231807589  0.4999999898030530  0.4999998448778897
  0.3333333187152130  0.6666666573035421  0.8333333878846958
  0.1666666914470699  0.8333333729707582  0.1666667678557344
  0.5000000014627457  0.4999999698374046  0.4999998545118000
  0.8333333415151060  0.6666666683721060  0.8333333815802598
  0.6666666950728902  0.8333333953569831  0.1666667640403482

怎么转为与氧八面体三个轴方向一致的poscar ?
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16楼2013-06-29 16:53:18
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奥特曼Baby

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是不是MS里不可以画出eg和t2g轨道的态密度图，我知道WIN2k里可以
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17楼2013-11-25 20:18:23
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duwaben

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3楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-09 19:50:49
很专业啊，不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢？

旋转操作和平移操作
怎么计算以八面体为xyz轴为基准的3d轨道分波态密度图？
1.gif
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18楼2013-11-27 10:15:25
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lan784846970

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你好，请问你最后转换成功没有啊？
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19楼2015-06-10 10:42:38
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蓝凌小未

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6楼: Originally posted by chenyuchen at 2013-06-10 15:44:21
wien2k可以算，不知道vasp能不能...

你好，能否讲一下wien2k里具体是如何操作的呢？
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20楼2019-07-16 17:00:57
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yingying15885楼
2013-06-09 22:25   回复  
sunflower_1215楼
2013-06-21 12:03   回复  
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