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su2376053

新虫 (小有名气)


[交流] 怎么计算以八面体为xyz轴为基准的3d轨道分波态密度图?

按照晶体场理论理论,NaCoO2的Co是以正八面体[CoO6]存在,其能级会劈裂成T2g与eg。
但是这个正八面体场的xyz轴,与我们在计算中所选取的晶胞的xyz轴的取向是不一致的,那么这个时候vasp的xy,xz,yz一类的轨道,其取向还是以晶胞的xyz轴为准,
如何画出dxy,dyz,dxz在以八面体xyz为基准的分波态密度图呢?也就是说如何正确的给出以正八面体的xyz轴为基准的5个3d轨道呢?求教了!!
看到有人说将可以转动原来的坐标使八面体和xyz三个方向对齐就行了,这个怎么实现呢?通过什么MS 或diamond软件可以实现吗?具体操作是怎么样的?
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DarkArchon

铁虫 (初入文坛)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-06-13 00:09:00
你先要找到一个旋转矩阵,通过这个矩阵可以把你现在的坐标与八面体坐标对齐。然后写个小程序,用POSCAR中的坐标乘以这个矩阵,得到新的POSCAR就可以了。注意,lattice constant 也需要乘以这个矩阵。
8楼2013-06-11 16:53:33
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普通回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:32
似乎没有软件可以做这样的事情吧?原理上是先把球谐函数做个坐标变换,然后再计算RWIGS里Bloch states对坐标变换后球谐函数的投影就可以了。
2楼2013-06-09 12:53:01
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su2376053

新虫 (小有名气)


很专业啊,不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢?
3楼2013-06-09 19:50:49
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iamikaruk

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-09 19:50:49
很专业啊,不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢?

晶体坐标系->正八面体坐标系,理论上是由欧拉角定义的坐标系变换。
4楼2013-06-09 20:21:04
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chenyuchen

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:48
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2013-06-09 12:53:01
似乎没有软件可以做这样的事情吧?原理上是先把球谐函数做个坐标变换,然后再计算RWIGS里Bloch states对坐标变换后球谐函数的投影就可以了。

wien2k可以算,不知道vasp能不能
6楼2013-06-10 15:44:21
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su2376053

新虫 (小有名气)


求助啊,vasp怎么算?
7楼2013-06-10 21:41:44
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)


多谢指教
9楼2013-06-13 13:47:12
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zhang668

木虫 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-06-14 09:33:01
转换poscar基矢,使其与氧八面体三个轴方向一致,如果体系有多个氧八面体,则每次只能计算一个氧八面体的d轨道态密度。不过,一般情况下够了。
10楼2013-06-13 18:04:03
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su2376053

新虫 (小有名气)


引用回帖:
10楼: Originally posted by zhang668 at 2013-06-13 18:04:03
转换poscar基矢,使其与氧八面体三个轴方向一致,如果体系有多个氧八面体,则每次只能计算一个氧八面体的d轨道态密度。不过,一般情况下够了。

转换poscar基矢,使其与氧八面体三个轴方向一致?这个怎么实现?具体操作是怎么样的?偶是新手入门,求详解.不甚感激。
11楼2013-06-14 08:33:36
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zhang668

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-14 08:33:36
转换poscar基矢,使其与氧八面体三个轴方向一致?这个怎么实现?具体操作是怎么样的?偶是新手入门,求详解.不甚感激。...

设置基矢为氧八面体三个轴的指教坐标方向就可以了。
12楼2013-06-15 21:59:47
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su2376053

新虫 (小有名气)


引用回帖:
12楼: Originally posted by zhang668 at 2013-06-15 21:59:47
设置基矢为氧八面体三个轴的指教坐标方向就可以了。...

怎么设置啊?是不是如八楼所说“找到一个旋转矩阵,通过这个矩阵可以把你现在的坐标与八面体坐标对齐。然后写个小程序,用POSCAR中的坐标乘以这个矩阵”,还是可以通过什么软件实现呢? 什么旋转矩阵啊,小程序,我不会啊? 有什么其它简单办法?
13楼2013-06-16 13:02:11
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zhang668

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+3, 应助指数+1, 谢谢回帖交流,, 2013-06-17 22:29:10
引用回帖:
13楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-16 13:02:11
怎么设置啊?是不是如八楼所说“找到一个旋转矩阵,通过这个矩阵可以把你现在的坐标与八面体坐标对齐。然后写个小程序,用POSCAR中的坐标乘以这个矩阵”,还是可以通过什么软件实现呢? 什么旋转矩阵啊,小程序,我 ...

不需要小程序,原子坐标一般是根据基矢写出的,而基矢是由笛卡尔直角坐标系定的,所以可以不用变换原子坐标,旋转直角坐标系就可以。
具体就是对氧八面体三个轴方向的坐标矩阵|r|求逆,即基矢|R|=|r|^-1,保证旋转直角坐标系后,三个轴变为xyz方向。
14楼2013-06-17 21:23:15
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su2376053

新虫 (小有名气)


引用回帖:
14楼: Originally posted by zhang668 at 2013-06-17 21:23:15
不需要小程序,原子坐标一般是根据基矢写出的,而基矢是由笛卡尔直角坐标系定的,所以可以不用变换原子坐标,旋转直角坐标系就可以。
具体就是对氧八面体三个轴方向的坐标矩阵|r|求逆,即基矢|R|=|r|^-1,保证旋转 ...

不懂啊,具体来说,可以在MS中操作吗?
比如,2*2*1的NaCoO2,poscar为
   1.00000000000000     
     5.0385150454008558   -2.9089886940228626   -0.0000001080556609
    -0.0000008891635917    5.8179758070884535   -0.0000006901366622
    -0.0000011673150275   -0.0000019607122694   15.5795265181527469
   O    Na   Co   
   24    12   12  
Direct
  0.0000000558683370  0.0000001083140957  0.2311180021363231
  0.3333332134216621  0.1666665592177703  0.5644512813829238
  0.1666667708068246  0.3333335009419873  0.8977847177681874
-0.0000000161773892  0.0000000154788931  0.7688819972468519
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  0.1666666972119969  0.8333333239232259  0.6666666656303056
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  0.6666666652764484  0.8333333618936579  0.6666666355157156
-0.0000000241240310 -0.0000000848019089  0.4999998439112754
  0.3333333246838259  0.1666666718378794  0.8333333870137564
  0.1666666750014688  0.3333333799523716  0.1666667667605370
  0.4999999531233986 -0.0000000605968851  0.4999998345948434
  0.8333333479635504  0.1666666823511335  0.8333333893700201
  0.6666667036566516  0.3333333750635071  0.1666667682972936
-0.0000000231807589  0.4999999898030530  0.4999998448778897
  0.3333333187152130  0.6666666573035421  0.8333333878846958
  0.1666666914470699  0.8333333729707582  0.1666667678557344
  0.5000000014627457  0.4999999698374046  0.4999998545118000
  0.8333333415151060  0.6666666683721060  0.8333333815802598
  0.6666666950728902  0.8333333953569831  0.1666667640403482

怎么转为与氧八面体三个轴方向一致的poscar ?
16楼2013-06-29 16:53:18
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奥特曼Baby

新虫 (小有名气)



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是不是MS里不可以画出eg和t2g轨道的态密度图,我知道WIN2k里可以
17楼2013-11-25 20:18:23
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duwaben

银虫 (初入文坛)



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3楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-09 19:50:49
很专业啊,不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢?

旋转操作和平移操作
怎么计算以八面体为xyz轴为基准的3d轨道分波态密度图?
1.gif

18楼2013-11-27 10:15:25
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lan784846970

新虫 (小有名气)



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你好,请问你最后转换成功没有啊?
19楼2015-06-10 10:42:38
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蓝凌小未

铜虫 (正式写手)



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6楼: Originally posted by chenyuchen at 2013-06-10 15:44:21
wien2k可以算,不知道vasp能不能...

你好,能否讲一下wien2k里具体是如何操作的呢?
20楼2019-07-16 17:00:57
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