24小时热门版块排行榜    

查看: 5339  |  回复: 19
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

su2376053

新虫 (小有名气)


[交流] 怎么计算以八面体为xyz轴为基准的3d轨道分波态密度图?

按照晶体场理论理论,NaCoO2的Co是以正八面体[CoO6]存在,其能级会劈裂成T2g与eg。
但是这个正八面体场的xyz轴,与我们在计算中所选取的晶胞的xyz轴的取向是不一致的,那么这个时候vasp的xy,xz,yz一类的轨道,其取向还是以晶胞的xyz轴为准,
如何画出dxy,dyz,dxz在以八面体xyz为基准的分波态密度图呢?也就是说如何正确的给出以正八面体的xyz轴为基准的5个3d轨道呢?求教了!!
看到有人说将可以转动原来的坐标使八面体和xyz三个方向对齐就行了,这个怎么实现呢?通过什么MS 或diamond软件可以实现吗?具体操作是怎么样的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

su2376053

新虫 (小有名气)


引用回帖:
14楼: Originally posted by zhang668 at 2013-06-17 21:23:15
不需要小程序,原子坐标一般是根据基矢写出的,而基矢是由笛卡尔直角坐标系定的,所以可以不用变换原子坐标,旋转直角坐标系就可以。
具体就是对氧八面体三个轴方向的坐标矩阵|r|求逆,即基矢|R|=|r|^-1,保证旋转 ...

不懂啊,具体来说,可以在MS中操作吗?
比如,2*2*1的NaCoO2,poscar为
   1.00000000000000     
     5.0385150454008558   -2.9089886940228626   -0.0000001080556609
    -0.0000008891635917    5.8179758070884535   -0.0000006901366622
    -0.0000011673150275   -0.0000019607122694   15.5795265181527469
   O    Na   Co   
   24    12   12  
Direct
  0.0000000558683370  0.0000001083140957  0.2311180021363231
  0.3333332134216621  0.1666665592177703  0.5644512813829238
  0.1666667708068246  0.3333335009419873  0.8977847177681874
-0.0000000161773892  0.0000000154788931  0.7688819972468519
  0.3333334707788145  0.1666667721005274  0.1022153547340708
  0.1666665417047428  0.3333331166924617  0.4355486520578117
  0.5000001513056624  0.0000002373534232  0.2311179947038750
  0.8333333802754328  0.1666665808079092  0.5644512725347673
  0.6666666777494092  0.3333333303389900  0.8977847275085065
  0.4999999011184156 -0.0000001662542897  0.7688820231070728
  0.8333332679167464  0.1666667602727007  0.1022153636698955
  0.6666666169070197  0.3333332454048297  0.4355486369617423
-0.0000000986922542  0.4999999612616570  0.2311180009214612
  0.3333333331778291  0.6666666752319562  0.5644512992103031
  0.1666667964773189  0.8333332984682613  0.8977847086727455
  0.0000001329307720  0.5000000351907317  0.7688820138844502
  0.3333333339225902  0.6666666666412440  0.1022153362294980
  0.1666665642773978  0.8333333332713357  0.4355486366783576
  0.5000001110585259  0.4999999907909402  0.2311179938109122
  0.8333334134630260  0.6666667766742645  0.5644512936625498
  0.6666665374096535  0.8333332979535112  0.8977847162501792
  0.4999998656269585  0.5000000379969900  0.7688820044197507
  0.8333332456124116  0.6666665373447089  0.1022153486770774
  0.6666667532894278  0.8333333494815167  0.4355486429709650
  0.0000000044509276  0.0000000004641502  0.0000000769688364
  0.3333333270713313  0.1666666901053339  0.3333332743339741
  0.1666666252429738  0.3333333094569895  0.6666666049332294
  0.5000000258240158  0.0000000144790150  0.0000000739962697
  0.8333333397172219  0.1666666633605231  0.3333333103146026
  0.6666666574161723  0.3333332705807316  0.6666666301694076
-0.0000000013507666  0.5000000092559053  0.0000000789875100
  0.3333333334392192  0.6666666502136369  0.3333333013201583
  0.1666666972119969  0.8333333239232259  0.6666666656303056
  0.4999999928151385  0.5000000005778152  0.0000000649727241
  0.8333333073188557  0.6666666672626546  0.3333332729585354
  0.6666666652764484  0.8333333618936579  0.6666666355157156
-0.0000000241240310 -0.0000000848019089  0.4999998439112754
  0.3333333246838259  0.1666666718378794  0.8333333870137564
  0.1666666750014688  0.3333333799523716  0.1666667667605370
  0.4999999531233986 -0.0000000605968851  0.4999998345948434
  0.8333333479635504  0.1666666823511335  0.8333333893700201
  0.6666667036566516  0.3333333750635071  0.1666667682972936
-0.0000000231807589  0.4999999898030530  0.4999998448778897
  0.3333333187152130  0.6666666573035421  0.8333333878846958
  0.1666666914470699  0.8333333729707582  0.1666667678557344
  0.5000000014627457  0.4999999698374046  0.4999998545118000
  0.8333333415151060  0.6666666683721060  0.8333333815802598
  0.6666666950728902  0.8333333953569831  0.1666667640403482

怎么转为与氧八面体三个轴方向一致的poscar ?
16楼2013-06-29 16:53:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

iamikaruk

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:32
似乎没有软件可以做这样的事情吧?原理上是先把球谐函数做个坐标变换,然后再计算RWIGS里Bloch states对坐标变换后球谐函数的投影就可以了。
2楼2013-06-09 12:53:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

su2376053

新虫 (小有名气)


很专业啊,不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢?
3楼2013-06-09 19:50:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2013-06-10 20:12:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by su2376053 at 2013-06-09 19:50:49
很专业啊,不是太懂。这个坐标变换怎么操作呢?

晶体坐标系->正八面体坐标系,理论上是由欧拉角定义的坐标系变换。
4楼2013-06-09 20:21:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见