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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 农林综合 » biolog ECO计算多样性指数
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tllcu

木虫 (小有名气)

[交流] biolog ECO计算多样性指数 已有4人参与

最近打算用biolog eco板测定土壤微生物群落功能多样性，在看文献的时候遇到几个问题，想请教各位虫友。在计算多样性指数时，应该选择那个时段测定的数据，有什么原则没有？另外，在计算AWCD值时，小于对照的应该舍弃？
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1楼 2013-06-05 17:23:41
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木林森secret

新虫 (小有名气)
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有的是在96h的时候，但是具体情况好像要根据AWCD值的变化而定；还有，在计算AWCD值时，小于对照出现负值的是要归零，我是这样计算的，不知你最后是怎么算的？
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2楼2013-11-18 08:20:39
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tllcu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 木林森secret at 2013-11-18 08:20:39
有的是在96h的时候，但是具体情况好像要根据AWCD值的变化而定；还有，在计算AWCD值时，小于对照出现负值的是要归零，我是这样计算的，不知你最后是怎么算的？

关于选择哪个点的数据计算多样性指数，也请教过其他人，没有确切的说法，我是按照快速生长期结束点的数据来计算的，计算的时候负值是要归零的，另外，你说的根据AWCD值的变化来定是什么意思？
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3楼2013-11-22 22:20:38
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木林森secret

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by tllcu at 2013-11-22 22:20:38
关于选择哪个点的数据计算多样性指数，也请教过其他人，没有确切的说法，我是按照快速生长期结束点的数据来计算的，计算的时候负值是要归零的，另外，你说的根据AWCD值的变化来定是什么意思？...

是做出关于AWCD各个时间点的曲线，选择达到最大值的时间点，进行多样性计算，和你说的按照快速生长期结束点的数据计算，应该是一样的意思。你觉得呢？还有，你的BIOLOG—ECO测定到第几个小时啊？我只测到192h，但是后来发现它的值好像还在增，而我已经停止测定。你有没有遇到这种问题呢？你是怎么处理的？求解中。。。。。期待你的回复哦。
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4楼2013-11-26 14:54:02
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tllcu

木虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by 木林森secret at 2013-11-26 14:54:02
是做出关于AWCD各个时间点的曲线，选择达到最大值的时间点，进行多样性计算，和你说的按照快速生长期结束点的数据计算，应该是一样的意思。你觉得呢？还有，你的BIOLOG—ECO测定到第几个小时啊？我只测到192h，但是 ...

以前听别人说过得到曲线开始下降了才能停止测定，发来我自己做的时候发现确实有的是一直在增加，即使有的出现下降了到第二天再次测定的时候曲线又上升了，不知道你有没有发现在培养的过程中，ECO板中的液面有的是下降的，如果你把这个板一直放着到某个时间板子直接就没液体了，我感觉可能是这个原因，我一般都是达到平稳的增长期就不测了，就是AWCD曲线趋于平稳了。你说的的做出关于AWCD各个时间点的曲线是什么意思呢？另外，你是做土壤微生物么？
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5楼2013-11-26 22:29:19
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xinxinpink

新虫 (初入文坛)
★
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5楼: Originally posted by tllcu at 2013-11-26 22:29:19
以前听别人说过得到曲线开始下降了才能停止测定，发来我自己做的时候发现确实有的是一直在增加，即使有的出现下降了到第二天再次测定的时候曲线又上升了，不知道你有没有发现在培养的过程中，ECO板中的液面有的是下 ...

一般土壤微生物都是测7天就好了，之后误差会很大，值都不准确了。
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6楼2013-12-04 13:27:23
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诺亚方舟04

新虫 (初入文坛)
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wanhscn: 金币+1, 鼓励交流 2013-12-31 16:14:52
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3楼: Originally posted by tllcu at 2013-11-22 22:20:38
关于选择哪个点的数据计算多样性指数，也请教过其他人，没有确切的说法，我是按照快速生长期结束点的数据来计算的，计算的时候负值是要归零的，另外，你说的根据AWCD值的变化来定是什么意思？...

你用了590和750的数据 吗？还是只用了590的。我是用590减空白，750减去空白，然后用590减空白所得值减去750减空白所得值，小于0.06的要归零
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7楼2013-12-29 17:31:37
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tllcu

木虫 (小有名气)
★
wanhscn: 金币+1, 鼓励交流 2013-12-31 16:15:01
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7楼: Originally posted by 诺亚方舟04 at 2013-12-29 17:31:37
你用了590和750的数据 吗？还是只用了590的。我是用590减空白，750减去空白，然后用590减空白所得值减去750减空白所得值，小于0.06的要归零...

我直接用590减去750的数据，然后再减去这个差值的空白，跟你的是一个意思，直接减就行了；关于你说的小于0.06舍去，你是在那篇文献中看到呢？
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8楼2013-12-30 18:04:36
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诺亚方舟04

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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8楼: Originally posted by tllcu at 2013-12-30 18:04:36
我直接用590减去750的数据，然后再减去这个差值的空白，跟你的是一个意思，直接减就行了；关于你说的小于0.06舍去，你是在那篇文献中看到呢？...

B i o l og和 P C R2 D GGE技术解析施肥对德惠
黑土细菌群落结构和功能的影响，这篇文献2.2.2里第一段最后一句提到了，别的还有好几篇文献里也都看到过~不这样处理的话可能就会出现负值了
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9楼2014-03-04 21:52:59
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tllcu

木虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by 诺亚方舟04 at 2014-03-04 21:52:59
B i o l og和 P C R2 D GGE技术解析施肥对德惠
黑土细菌群落结构和功能的影响，这篇文献2.2.2里第一段最后一句提到了，别的还有好几篇文献里也都看到过~不这样处理的话可能就会出现负值了...

出现负值的话，记为零。
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10楼2014-03-05 16:34:21
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