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tllcu

木虫 (小有名气)

[交流] biolog ECO计算多样性指数 已有4人参与

最近打算用biolog eco板测定土壤微生物群落功能多样性,在看文献的时候遇到几个问题,想请教各位虫友。在计算多样性指数时,应该选择那个时段测定的数据,有什么原则没有?另外,在计算AWCD值时,小于对照的应该舍弃?
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木林森secret

新虫 (小有名气)


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有的是在96h的时候,但是具体情况好像要根据AWCD值的变化而定;还有,在计算AWCD值时,小于对照出现负值的是要归零,我是这样计算的,不知你最后是怎么算的?
2楼2013-11-18 08:20:39
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tllcu

木虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by 木林森secret at 2013-11-18 08:20:39
有的是在96h的时候,但是具体情况好像要根据AWCD值的变化而定;还有,在计算AWCD值时,小于对照出现负值的是要归零,我是这样计算的,不知你最后是怎么算的?

关于选择哪个点的数据计算多样性指数,也请教过其他人,没有确切的说法,我是按照快速生长期结束点的数据来计算的,计算的时候负值是要归零的,另外,你说的根据AWCD值的变化来定是什么意思?
3楼2013-11-22 22:20:38
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木林森secret

新虫 (小有名气)


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3楼: Originally posted by tllcu at 2013-11-22 22:20:38
关于选择哪个点的数据计算多样性指数,也请教过其他人,没有确切的说法,我是按照快速生长期结束点的数据来计算的,计算的时候负值是要归零的,另外,你说的根据AWCD值的变化来定是什么意思?...

是做出关于AWCD各个时间点的曲线,选择达到最大值的时间点,进行多样性计算,和你说的按照快速生长期结束点的数据计算,应该是一样的意思。你觉得呢?还有,你的BIOLOG—ECO测定到第几个小时啊?我只测到192h,但是后来发现它的值好像还在增,而我已经停止测定。你有没有遇到这种问题呢?你是怎么处理的?求解中。。。。。期待你的回复哦。
4楼2013-11-26 14:54:02
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tllcu

木虫 (小有名气)

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4楼: Originally posted by 木林森secret at 2013-11-26 14:54:02
是做出关于AWCD各个时间点的曲线,选择达到最大值的时间点,进行多样性计算,和你说的按照快速生长期结束点的数据计算,应该是一样的意思。你觉得呢?还有,你的BIOLOG—ECO测定到第几个小时啊?我只测到192h,但是 ...

以前听别人说过得到曲线开始下降了才能停止测定,发来我自己做的时候发现确实有的是一直在增加,即使有的出现下降了到第二天再次测定的时候曲线又上升了,不知道你有没有发现在培养的过程中,ECO板中的液面有的是下降的,如果你把这个板一直放着到某个时间板子直接就没液体了,我感觉可能是这个原因,我一般都是达到平稳的增长期就不测了,就是AWCD曲线趋于平稳了。你说的的做出关于AWCD各个时间点的曲线是什么意思呢?另外,你是做土壤微生物么?
5楼2013-11-26 22:29:19
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xinxinpink

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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5楼: Originally posted by tllcu at 2013-11-26 22:29:19
以前听别人说过得到曲线开始下降了才能停止测定,发来我自己做的时候发现确实有的是一直在增加,即使有的出现下降了到第二天再次测定的时候曲线又上升了,不知道你有没有发现在培养的过程中,ECO板中的液面有的是下 ...

一般土壤微生物都是测7天就好了,之后误差会很大,值都不准确了。
6楼2013-12-04 13:27:23
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诺亚方舟04

新虫 (初入文坛)

★ ★
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wanhscn: 金币+1, 鼓励交流 2013-12-31 16:14:52
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3楼: Originally posted by tllcu at 2013-11-22 22:20:38
关于选择哪个点的数据计算多样性指数,也请教过其他人,没有确切的说法,我是按照快速生长期结束点的数据来计算的,计算的时候负值是要归零的,另外,你说的根据AWCD值的变化来定是什么意思?...

你用了590和750的数据 吗?还是只用了590的。我是用590减空白,750减去空白,然后用590减空白所得值减去750减空白所得值,小于0.06的要归零
7楼2013-12-29 17:31:37
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tllcu

木虫 (小有名气)


wanhscn: 金币+1, 鼓励交流 2013-12-31 16:15:01
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7楼: Originally posted by 诺亚方舟04 at 2013-12-29 17:31:37
你用了590和750的数据 吗?还是只用了590的。我是用590减空白,750减去空白,然后用590减空白所得值减去750减空白所得值,小于0.06的要归零...

我直接用590减去750的数据,然后再减去这个差值的空白,跟你的是一个意思,直接减就行了;关于你说的小于0.06舍去,你是在那篇文献中看到呢?
8楼2013-12-30 18:04:36
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诺亚方舟04

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by tllcu at 2013-12-30 18:04:36
我直接用590减去750的数据,然后再减去这个差值的空白,跟你的是一个意思,直接减就行了;关于你说的小于0.06舍去,你是在那篇文献中看到呢?...

B i o l og和 P C R2 D GGE技术解析施肥对德惠
黑土细菌群落结构和功能的影响,这篇文献2.2.2里第一段最后一句提到了,别的还有好几篇文献里也都看到过~不这样处理的话可能就会出现负值了
9楼2014-03-04 21:52:59
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tllcu

木虫 (小有名气)

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9楼: Originally posted by 诺亚方舟04 at 2014-03-04 21:52:59
B i o l og和 P C R2 D GGE技术解析施肥对德惠
黑土细菌群落结构和功能的影响,这篇文献2.2.2里第一段最后一句提到了,别的还有好几篇文献里也都看到过~不这样处理的话可能就会出现负值了...

出现负值的话,记为零。
10楼2014-03-05 16:34:21
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