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新虫 (小有名气)

[求助] ITS测序

真菌ITS测序后发来的序列直接在Blast上进行分析吗？是直接把序列复制到Enter Query Sequence对话框吗？参数有需要设置的吗？需要裁剪吗？

Be the change you want to see in the world.

1楼 2013-06-02 15:17:48

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银虫 (小有名气)

★
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浅笑包包(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-06-02 16:14:34

不清楚blast可以不，我们用的是biology edit，好像要先把序列粘到一个txt文档里，前面还要打上大于号，软件才可以识别的，具体参数的设置不是很清楚，但是一般都会把两头测得不好的裁剪去一些的。
新手一枚，师兄给演示过一次，希望对你有帮助

may

2楼2013-06-02 16:02:02

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木虫 (小有名气)

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可以先用contigexpress进行裁切和拼接，然后生成含有大于号的fast格式的文件，再进行你希望的下一步分析，不知你的分析目的是什么

3楼2013-06-03 21:15:42

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