应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何》在全基因组中搜索 转录因子的binding site ？
51/1返回列表
查看: 2447  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看

看天

木虫 (知名作家)

[求助] 如何》在全基因组中搜索 转录因子的binding site ？

我想在C.acetobutylicumATCC824全基因组中搜索含有某个转录因子结合序列的基因或序列，事先在其他物种中查找到了这个转录因子的结合序列或大致模式。

（1）日本有个网站TRANSFAC不行的，但是我要找的是原核生物的；
（2）Prodoric的virtual foot软件也不行：1文献报道的B.subtilis中一个已经熟知的转录因子的19bp结合序列输入进去竟然说找不到，直到允许4mismatch才给出好多无关的结果；2我把事先用virtual foot已经查好的某个转录因子的结合位点序列再重新输入进去查找，0 mismatch,1 mismatch 它又找不到了。什么破玩意！
（3）NCBI中可以直接搜索含有某个转录因子结合序列的所有基因吗？还可以选择1-mismatch,2 mismatch等进行匹配？看到好多文献里面讲在某某全基因组中搜索什么什么转录因子结合序列，也没指明软件。
回复此楼

» 猜你喜欢
戒嗔怒以养肝气，省言语以养神气，多读书以养质气，顺时令以养元气，不拘节以养大气，观天变以养灵气，莫强求规于运气。
1楼 2013-05-23 12:31:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
看天: 金币+10, ★★★很有帮助, 很好的思路！如果实在找不到我就只能如此，就是麻烦点了。 2013-05-23 16:57:52
myprayer: 金币+5, MolEPI+1, 木虫现在缺少的就是西瓜这样给力切实的应助帖子。 2013-05-30 10:38:55
如果你可以把基因组序列下载回来，可以用Vector NTI的motif分析来做。
如何》在全基因组中搜索 转录因子的binding site ？
貌似没有mismatch的选项，不过可以设置相似度，相似度越低得到的结果越多。
如何》在全基因组中搜索 转录因子的binding site ？-1
也可以把你的结合序列添加成一个“内切酶”，用酶切位点分析来做。

软件的使用很简单，论坛也有许多教程，就不赘述了。

把序列填进去的时候可以参照下面的简并碱基表：
Nucleotides (Cornish-Bowden, 1985):
Symbol        Meaning
G        G
A        A
T        T or U
C        C
U        U or T
R        G or A
Y        T, U or C
M        A or C
K        G, T or U
S        G or C
W        A, T or U
H        A, C, T or U
B        G, T, U or C
V        G, C or A
D        G, A, T or U
N        G, A, T, U or C
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-23 16:43:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

看天

木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 西瓜 at 2013-05-23 16:43:56
如果你可以把基因组序列下载回来，可以用Vector NTI的motif分析来做。

貌似没有mismatch的选项，不过可以设置相似度，相似度越低得到的结果越多。

也可以把你的结合序列添加成一个“内切酶”，用酶切位点分析 ...

下载序列 所在基因名称、 binding sites在ATG之前的位点等信息就不太方便
赞一下 回复此楼
戒嗔怒以养肝气，省言语以养神气，多读书以养质气，顺时令以养元气，不拘节以养大气，观天变以养灵气，莫强求规于运气。
3楼2013-05-23 17:02:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

看天

木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 西瓜 at 2013-05-23 16:43:56
如果你可以把基因组序列下载回来，可以用Vector NTI的motif分析来做。

貌似没有mismatch的选项，不过可以设置相似度，相似度越低得到的结果越多。

也可以把你的结合序列添加成一个“内切酶”，用酶切位点分析 ...

（1）A genome-wide search using the genome sequence of S. aureus COL revealed the presence of 461 motifs up to 400 bp upstream of
predicted genes: 16 motifs without a mismatch, 25 motifs
with one mismatch, and 420 motifs with two mismatches
(data not shown).To 。。。。
（2）It is also worth noting that when using the consensus sequence
to do a whole genome search allowing two or three mismatches,
many more putative Rex-binding sites could be identified in
intergenic regions and upstream of genes that 。。。

好多文献都是这样讲的，软件都没提到？！
赞一下 回复此楼
戒嗔怒以养肝气，省言语以养神气，多读书以养质气，顺时令以养元气，不拘节以养大气，观天变以养灵气，莫强求规于运气。
4楼2013-05-23 17:14:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 看天 at 2013-05-23 17:02:47
下载序列 所在基因名称、 binding sites在ATG之前的位点等信息就不太方便...

确实。我老板最近也要我干这事，不知道有没有更好的办法。
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-23 17:18:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 看天 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕326求调剂 +5 墨煜姒莘 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:30 by 木瓜膏
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +12 不知道叫什么！ 2026-03-15 14/700 2026-03-16 16:45 by 我的船我的海
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 材料与化工求调剂 +3 为学666 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:09 by 加号+
[考研] 309求调剂 +5 花与叶@ 2026-03-10 5/250 2026-03-16 14:13 by 哦哦123
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 285 求调剂 资源与环境 一志愿北京化工大学 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 26考研求调剂 +5 丶宏Sir 2026-03-13 5/250 2026-03-13 13:05 by JourneyLucky
[考研] 085600 材料与化工 295 求调剂 +10 dream…… 2026-03-10 12/600 2026-03-12 13:46 by dream……
[基金申请] 提交后的基金本子，已让学校撤回了，可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭