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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
看天: 金币+10, ★★★很有帮助, 很好的思路!如果实在找不到我就只能如此,就是麻烦点了。 2013-05-23 16:57:52
myprayer: 金币+5, MolEPI+1, 木虫现在缺少的就是西瓜这样给力切实的应助帖子。 2013-05-30 10:38:55
如果你可以把基因组序列下载回来,可以用Vector NTI的motif分析来做。
如何》在全基因组中搜索 转录因子的binding site ?
貌似没有mismatch的选项,不过可以设置相似度,相似度越低得到的结果越多。
如何》在全基因组中搜索 转录因子的binding site ?-1
也可以把你的结合序列添加成一个“内切酶”,用酶切位点分析来做。

软件的使用很简单,论坛也有许多教程,就不赘述了。

把序列填进去的时候可以参照下面的简并碱基表:
Nucleotides (Cornish-Bowden, 1985):
Symbol        Meaning
G        G
A        A
T        T or U
C        C
U        U or T
R        G or A
Y        T, U or C
M        A or C
K        G, T or U
S        G or C
W        A, T or U
H        A, C, T or U
B        G, T, U or C
V        G, C or A
D        G, A, T or U
N        G, A, T, U or C
2楼2013-05-23 16:43:56
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