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nightwalker

金虫 (著名写手)

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[求助] Gromacs里面的improper_dihedral_angle的原子顺序问题

请教一个关于gromacs里面的关于topology file的问题
当给improper dihedral 作用项设定参数的时候
itp文件里有一些可选的参数
比如对于苯环上的原子，有
; Z -CA-X -Y improper torsion. CA is any ring carbon (CA,CB,CN,CV,CW,CR,CK,CQ,CS,C*)
#define improper_Z_CA_X_Y    180.0    4.60240 2

我的第一个问题是：
这个180.0应该是参考角度或者叫平衡角度。
那么这个角度值是允许用户根据需要修改呢（实际上就两个选择，180度或者0度）
还是说不能修改，只能对应一定的分子结构？

第二个问题
Z_CA_X_Y是特指什么样的原子顺序？
比如，一个苯环，上面六个碳原子，C1，C2,,,,,,C6,
对应六个氢原子，H1，H2,,,,,,,H6
那么caseA C1 C2 C3 H2 组成一个improper 其中C2 连接其它三个原子
另外caseB C1 C2 C3 C4 组成一个improper 是线性的
另外caseC C1 C2 C3 H4 也组成一个improper 是线性的

我的想法呢  caseB的improper是0度，caseC的improper是180度
貌似这两种情况都要用  improper_Z_CA_X_Y
那它后面的 180 度到底要不要修改？

另外对 caseA 四个原子的顺序怎么安排？
是 C1 C2 C3 H2，还是  C2 C1  C3 H2？
两种情况又分别应该对应多大的参考角？

很基础的问题，见笑了，请高手不吝赐教啊。

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