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nightwalker金虫 (著名写手)
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Gromacs里面的improper_dihedral_angle的原子顺序问题
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请教一个关于gromacs里面的关于topology file的问题 当给improper dihedral 作用项设定参数的时候 itp文件里有一些可选的参数 比如对于苯环上的原子，有 ; Z -CA-X -Y improper torsion. CA is any ring carbon (CA,CB,CN,CV,CW,CR,CK,CQ,CS,C*) #define improper_Z_CA_X_Y 180.0 4.60240 2 我的第一个问题是： 这个180.0应该是参考角度或者叫平衡角度。 那么这个角度值是允许用户根据需要修改呢（实际上就两个选择，180度或者0度） 还是说不能修改，只能对应一定的分子结构？ 第二个问题 Z_CA_X_Y是特指什么样的原子顺序？ 比如，一个苯环，上面六个碳原子，C1，C2,,,,,,C6, 对应六个氢原子，H1，H2,,,,,,,H6 那么caseA C1 C2 C3 H2 组成一个improper 其中C2 连接其它三个原子 另外caseB C1 C2 C3 C4 组成一个improper 是线性的 另外caseC C1 C2 C3 H4 也组成一个improper 是线性的 我的想法呢 caseB的improper是0度，caseC的improper是180度 貌似这两种情况都要用 improper_Z_CA_X_Y 那它后面的 180 度到底要不要修改？ 另外对 caseA 四个原子的顺序怎么安排？ 是 C1 C2 C3 H2， 还是 C2 C1 C3 H2？ 两种情况又分别应该对应多大的参考角？ 很基础的问题，见笑了，请高手不吝赐教啊。 |
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