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蓝洛水seven

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs计算时中途暂停，产生了很多的step文件，求解答

Warning: 1-4 interaction between 1791 and 1794 at distance 1.010 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
请问这个错误该怎么改啊， table-extension又是什么意思，要把这个参数加到mdp文件吗？在mdout.mdp中默认的table-extension是1，我要改成多少呢？？
另外，如果说是结构的原因，那么原子重叠，键太长这种怎么看出来的，请指点一下，谢谢了
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Bemyself!
1楼 2013-05-22 16:37:29
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jackwangee

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-05-27 14:55:42
见过类似错误，貌似都是结构不合理造成的。
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2楼2013-05-27 11:25:24
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kindermoon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-09 08:23:56
这个是在跑能量最小化时经常出现的一个错误，可能原因就是原子位置重叠，可以试着减小步长，或者手动修改下重叠原子的坐标（稍微移动下就可以了）。然后重新在跑，反复调整几次应该就差不多可以解决了。注意参考提示错误信息。
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3楼2013-06-09 05:19:49
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