24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1268  |  回复: 2

蓝洛水seven

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs计算时中途暂停,产生了很多的step文件,求解答

Warning: 1-4 interaction between 1791 and 1794 at distance 1.010 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
请问这个错误该怎么改啊, table-extension又是什么意思,要把这个参数加到mdp文件吗?在mdout.mdp中默认的table-extension是1,我要改成多少呢??
另外,如果说是结构的原因,那么原子重叠,键太长这种怎么看出来的,请指点一下,谢谢了
回复此楼
Bemyself!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackwangee

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-05-27 14:55:42
见过类似错误,貌似都是结构不合理造成的。
2楼2013-05-27 11:25:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kindermoon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-09 08:23:56
这个是在跑能量最小化时经常出现的一个错误,可能原因就是原子位置重叠,可以试着减小步长,或者手动修改下重叠原子的坐标(稍微移动下就可以了)。然后重新在跑,反复调整几次应该就差不多可以解决了。注意参考提示错误信息。
3楼2013-06-09 05:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 蓝洛水seven 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工调剂 +9 kikiki7 2026-03-30 9/450 2026-03-30 21:13 by peike
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-29 9/450 2026-03-30 21:02 by dophin1985
[考研] 材料工程专硕求调剂 +8 hyl3153942 2026-03-29 8/400 2026-03-30 20:45 by dophin1985
[考研] 083000环境科学与工程调剂,总分281 +3 橙子(胜意) 2026-03-30 3/150 2026-03-30 20:07 by piklet
[考研] 367求调剂 +5 芋泥啵啵… 2026-03-28 5/250 2026-03-30 19:56 by 无际的草原
[考研] 105500药学求调剂,一志愿山东大学药学,348分 +3 gr哈哈哈 2026-03-28 3/150 2026-03-30 18:56 by 源_2020
[考研] 材料专硕 085600求调剂 +7 BBQ233 2026-03-30 7/350 2026-03-30 17:44 by oooqiao
[考研] 085404求调剂,总分309,本科经历较为丰富 +6 来财aa 2026-03-25 6/300 2026-03-30 09:48 by 青海小西牛
[考研] 22408 359分调剂 +4 Qshers 2026-03-27 6/300 2026-03-29 14:16 by Qshers
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分,求调剂 +5 0857求调剂. 2026-03-24 6/300 2026-03-28 22:04 by zhq0425
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +10 y7czhao 2026-03-26 10/500 2026-03-28 14:23 by 唐沐儿
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-27 6/300 2026-03-28 14:10 by 唐沐儿
[考研] 求调剂 +6 芦lty 2026-03-25 7/350 2026-03-28 13:13 by 唐沐儿
[考研] 材料求调剂一志愿哈工大324 +7 闫旭东 2026-03-28 9/450 2026-03-28 08:51 by Xu de nuo
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[考研] 265求调剂11408 +3 刘小鹿lu 2026-03-27 3/150 2026-03-27 20:53 by nihaoar
[考博] 26申博 +3 加油冲啊! 2026-03-26 3/150 2026-03-27 15:38 by cls512
[考研] 一志愿郑大085600,310分求调剂 +5 李潇可 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:14 by 不吃魚的貓
[考研] 296求调剂 +4 汪!?! 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪!?!
信息提示
请填处理意见