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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 模拟聚合物在水溶液中的构象
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] 模拟聚合物在水溶液中的构象

请问北京这边哪位老师做分子模拟比较厉害？模拟聚合物在水溶液中的构象。想去请教一下。我想模拟聚合物分子在不同的盐溶液中的骨架形态，如卷曲或伸展的，尝试了各种表示方法（如：回转半径，末端距离，顺反异构体，二面角分布，timetrace），一直得不到预期的结果。希望得到指点！
模拟聚合物在水溶液中的构象
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奋斗中的小木虫
1楼 2013-05-21 16:45:40
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emrecoba

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mengsk at 2013-05-29 10:13:26
请问你都是怎么取样？只做一条轨迹，然后在平衡时间内取样？还是不同初始条件做多条轨迹，再平均取样？如果是后者的话，做多少条轨迹算比较合理呢？（尽量少，只要审稿人不会质疑就好）...

如果是传统MD的话，个人倾向于不同初始条件，多条轨迹。选取构型的关键是要能解决局部能垒所导致的取样空间不够。
如果能知道对体系自由能影响最大的几个体系结构变量的话，例如某个二面角，某个氢键等等，就变这几个应该差不多了。初始构型可以在高温下，或者用模拟退火的方法产生。具体数目的话不知道具体体系，不好说。如果你的聚合物不怎么长的话，一般一条轨迹几十纳秒应该够了。

我是做蛋白和多肽的，一般对这种问题都倾向于用enhanced sampling techniques。这个对计算资源要求很高，经常一算就是几百 K 的计算机时间。

希望有所帮助。
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8楼2013-06-01 03:12:57
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:21
我在想是不是可以做个 大的 amorphous cell，里面放个聚合物链，聚合度自己试试，不用太大，然后按比例加溶剂分子。最后跑动力学。。。
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-05-21 16:51:40
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-05-21 16:51:40
我在想是不是可以做个 大的 amorphous cell，里面放个聚合物链，聚合度自己试试，不用太大，然后按比例加溶剂分子。最后跑动力学。。。

我用Gromacs软件跑的。我是得不到预期结果，想找到原因。
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奋斗中的小木虫
3楼2013-05-21 16:54:45
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:58
力场有重要的影响
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4楼2013-05-21 17:33:37
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