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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 模拟聚合物在水溶液中的构象
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] 模拟聚合物在水溶液中的构象

请问北京这边哪位老师做分子模拟比较厉害？模拟聚合物在水溶液中的构象。想去请教一下。我想模拟聚合物分子在不同的盐溶液中的骨架形态，如卷曲或伸展的，尝试了各种表示方法（如：回转半径，末端距离，顺反异构体，二面角分布，timetrace），一直得不到预期的结果。希望得到指点！
模拟聚合物在水溶液中的构象
求助.jpg
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奋斗中的小木虫
1楼 2013-05-21 16:45:40
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:21
我在想是不是可以做个 大的 amorphous cell，里面放个聚合物链，聚合度自己试试，不用太大，然后按比例加溶剂分子。最后跑动力学。。。
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-05-21 16:51:40
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-05-21 16:51:40
我在想是不是可以做个 大的 amorphous cell，里面放个聚合物链，聚合度自己试试，不用太大，然后按比例加溶剂分子。最后跑动力学。。。

我用Gromacs软件跑的。我是得不到预期结果，想找到原因。
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奋斗中的小木虫
3楼2013-05-21 16:54:45
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:58
力场有重要的影响
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4楼2013-05-21 17:33:37
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-02 20:51:03
预期是啥结果？ 最重要的力场的选择问题。
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5楼2013-05-21 23:54:50
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
mengsk: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！试过不同初始构型，初始温度设置比跑MD高几百K。现在感觉可能是box设置太小，可能镜像对该分子产生影响了。 2013-05-29 10:11:09
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:44
聚合物模拟如果体系很大的话，做一般的分子动力学可能得不到很好的结果。除了力场的描述可能不准确，特别是二面角可能不准确外，另外一个可能遇到的问题就是初始构型的选择。
初始构型的细微差别可能导致构型被限制在某个局部最小值区域内而无法在有限的模拟时间内对整个系综空间进行取样。有几种方法LZ可以试着尝试下，看看是否会改善结果：
1 取不同的初始构型
2 延长模拟时间
3 升高模拟体系温度
如果可以，LZ可以试试一些enhanced sampling techniques。
例如REMD，metadynamics，Accelerated MD等等。
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6楼2013-05-28 13:59:20
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by emrecoba at 2013-05-28 13:59:20
聚合物模拟如果体系很大的话，做一般的分子动力学可能得不到很好的结果。除了力场的描述可能不准确，特别是二面角可能不准确外，另外一个可能遇到的问题就是初始构型的选择。
初始构型的细微差别可能导致构型被限制 ...

请问你都是怎么取样？只做一条轨迹，然后在平衡时间内取样？还是不同初始条件做多条轨迹，再平均取样？如果是后者的话，做多少条轨迹算比较合理呢？（尽量少，只要审稿人不会质疑就好）
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奋斗中的小木虫
7楼2013-05-29 10:13:26
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emrecoba

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mengsk at 2013-05-29 10:13:26
请问你都是怎么取样？只做一条轨迹，然后在平衡时间内取样？还是不同初始条件做多条轨迹，再平均取样？如果是后者的话，做多少条轨迹算比较合理呢？（尽量少，只要审稿人不会质疑就好）...

如果是传统MD的话，个人倾向于不同初始条件，多条轨迹。选取构型的关键是要能解决局部能垒所导致的取样空间不够。
如果能知道对体系自由能影响最大的几个体系结构变量的话，例如某个二面角，某个氢键等等，就变这几个应该差不多了。初始构型可以在高温下，或者用模拟退火的方法产生。具体数目的话不知道具体体系，不好说。如果你的聚合物不怎么长的话，一般一条轨迹几十纳秒应该够了。

我是做蛋白和多肽的，一般对这种问题都倾向于用enhanced sampling techniques。这个对计算资源要求很高，经常一算就是几百 K 的计算机时间。

希望有所帮助。
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8楼2013-06-01 03:12:57
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