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模拟聚合物在水溶液中的构象
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请问北京这边哪位老师做分子模拟比较厉害？模拟聚合物在水溶液中的构象。想去请教一下。我想模拟聚合物分子在不同的盐溶液中的骨架形态，如卷曲或伸展的，尝试了各种表示方法（如：回转半径，末端距离，顺反异构体，二面角分布，timetrace），一直得不到预期的结果。希望得到指点！ 求助.jpg |
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pigrass
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2楼2013-05-21 16:51:40
3楼2013-05-21 16:54:45
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4楼2013-05-21 17:33:37
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5楼2013-05-21 23:54:50
【答案】应助回帖
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mengsk: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！试过不同初始构型，初始温度设置比跑MD高几百K。现在感觉可能是box设置太小，可能镜像对该分子产生影响了。 2013-05-29 10:11:09
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:44
mengsk: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！试过不同初始构型，初始温度设置比跑MD高几百K。现在感觉可能是box设置太小，可能镜像对该分子产生影响了。 2013-05-29 10:11:09
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:44
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聚合物模拟如果体系很大的话，做一般的分子动力学可能得不到很好的结果。除了力场的描述可能不准确，特别是二面角可能不准确外，另外一个可能遇到的问题就是初始构型的选择。 初始构型的细微差别可能导致构型被限制在某个局部最小值区域内而无法在有限的模拟时间内对整个系综空间进行取样。有几种方法LZ可以试着尝试下，看看是否会改善结果： 1 取不同的初始构型 2 延长模拟时间 3 升高模拟体系温度 如果可以，LZ可以试试一些enhanced sampling techniques。 例如REMD，metadynamics，Accelerated MD等等。 |
6楼2013-05-28 13:59:20
7楼2013-05-29 10:13:26
8楼2013-06-01 03:12:57
