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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] 模拟聚合物在水溶液中的构象

请问北京这边哪位老师做分子模拟比较厉害?模拟聚合物在水溶液中的构象。想去请教一下。我想模拟聚合物分子在不同的盐溶液中的骨架形态,如卷曲或伸展的,尝试了各种表示方法(如:回转半径,末端距离,顺反异构体,二面角分布,timetrace),一直得不到预期的结果。希望得到指点!
模拟聚合物在水溶液中的构象
求助.jpg
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奋斗中的小木虫
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by emrecoba at 2013-05-28 13:59:20
聚合物模拟如果体系很大的话,做一般的分子动力学可能得不到很好的结果。除了力场的描述可能不准确,特别是二面角可能不准确外,另外一个可能遇到的问题就是初始构型的选择。
初始构型的细微差别可能导致构型被限制 ...

请问你都是怎么取样?只做一条轨迹,然后在平衡时间内取样?还是不同初始条件做多条轨迹,再平均取样?如果是后者的话,做多少条轨迹算比较合理呢?(尽量少,只要审稿人不会质疑就好)
奋斗中的小木虫
7楼2013-05-29 10:13:26
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:21
我在想是不是可以做个 大的 amorphous cell,里面放个聚合物链,聚合度自己试试,不用太大,然后按比例加溶剂分子。最后跑动力学。。。
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-05-21 16:51:40
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-05-21 16:51:40
我在想是不是可以做个 大的 amorphous cell,里面放个聚合物链,聚合度自己试试,不用太大,然后按比例加溶剂分子。最后跑动力学。。。

我用Gromacs软件跑的。我是得不到预期结果,想找到原因。
奋斗中的小木虫
3楼2013-05-21 16:54:45
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-02 20:50:58
力场有重要的影响
4楼2013-05-21 17:33:37
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