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体系的平衡问题 log MSD对log time 线性问题
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想问下大家都通过什么参数判断跑动力学的体系达到了平衡？是看能量时间曲线波动在可接受范围内，还是用log MSD对log time 作图，看是否呈线性，我的体系很奇怪，最后能量达到可以接受的标准，但是做出log MSD对log time的图，刚开始是呈线性的最后的线性反而不好了，很奇怪，我的动力学一共是5ns，应该是时间越长越稳定的啊，为什么时间增加log MSD对log time的线性反而不好了呢？ MYUV{Z9HRY)5I1IAWIP(J_6.jpg |
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lsloneil
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-19 20:30:53
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yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-19 20:30:53
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你能不能跑更长一点的simulation再重算一遍试试？ 因为假如你只有5 ns的数据，而如果你要算MSD在4 ns的值，那样本数相对少了点，所以数据可能有误差。 换句话说，你有5 ns的数据，以1 ns为间隔采样算msd。那么对于msd 在1 ns的值，你可以计算0-1ns, 1-2 ns, 2-3 ns, 3-4 ns, 4-5 ns区间上的值然后取平均。但是假如你要计算msd 在 4 ns处的值，你只能在 0 -4 ns, 1- 5 ns上取样，样本数少了，计算可能有误差。 |
2楼2013-05-19 06:52:27
3楼2013-05-19 20:30:26