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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟扩散系数时怎么全选气体分子分析均方位移
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luoyiwei

金虫 (小有名气)

[求助] MS模拟扩散系数时怎么全选气体分子分析均方位移

我用materials studio模拟乙醇分子在聚合物中的扩散，在discovery analysis之前需要将气体分子定义为一组时才能分析均方位移。但是由于我放的乙醇分子很多（55个），请教大神们我怎么才能将乙醇分子全部选中，定义为一组？文献里也有乙醇分子的扩散例子，但是分子数都很少，我想那样一个一个全选也可以，但是我这个实在太多了。
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1楼 2013-05-15 15:15:44
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
edit - atom selection - 根据乙醇的性质来选择
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2楼2013-05-16 21:28:37
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luoyiwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-05-16 21:28:37
edit - atom selection - 根据乙醇的性质来选择

你说的方法只能选择原子的吧，以前选择O2分子的时候是先将O原子按力场类型标记（label），然后atom selection里根据力场选择所有的O原子。但是我现在的乙醇分子本身就不是只有C或H或O原子，而是三种原子的集合，用你说的方法也只能选中其中的一种原子啊，怎么同时选中另外两种原子呢？
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3楼2013-05-17 15:04:18
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

选中原子后 选择fragment  这样子乙醇可以选中了吧
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4楼2013-05-18 12:56:39
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luoyiwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cg陈 at 2013-05-18 12:56:39
选中原子后 选择fragment  这样子乙醇可以选中了吧

你说的方法是可以选中一个乙醇分子，但是我想把其他的乙醇分子一起选中，好像就实现不了。
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5楼2013-05-19 10:50:29
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
luoyiwei: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-05-20 16:50:16
哎 你可以用forcefield选择所有乙醇分子中的原子 例如O呀 然后fragment就可以选中所以乙醇分子
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6楼2013-05-20 10:06:44
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luoyiwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cg陈 at 2013-05-20 10:06:44
哎 你可以用forcefield选择所有乙醇分子中的原子 例如O呀 然后fragment就可以选中所以乙醇分子

谢谢大神，看似简单的问题我都请教了“无数人”，在你这里终于找到了答案。
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7楼2013-05-20 16:51:01
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自由的自我

铁杆木虫 (著名写手)

无
引用回帖:
7楼: Originally posted by luoyiwei at 2013-05-20 16:51:01
谢谢大神，看似简单的问题我都请教了“无数人”，在你这里终于找到了答案。...

请问对于乙醇和水的体系，想选择所有的乙醇分子，是先用forcefield type ，选中乙醇中的一个氧原子，然后 fragment是在哪里？菜鸟不懂啊 能不能说具体点 谢谢拉
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无
8楼2014-07-24 13:38:12
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ljl7701496

新虫 (初入文坛)
为什么我向里面加co，总是错误呢？
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9楼2016-01-15 16:04:49
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