| 查看: 815 | 回复: 3 | |||
罗敏1新虫 (正式写手)
|
[求助]
大家看下小分子药物与蛋白匹配步骤是不是正确？
|
|
各位虫友: 下面步骤是小分子药物与蛋白匹配步骤，请问是否正确？有无需要改正的地方？ 首先在PDB中检索到活性蛋白的一级序列，然后通过swiss在线回馈得到对应的蛋白活性三级结构。再将蛋白三级结构导入autodock4中进行初步处理后存为pdbqt文件待用。 然后用chemdraw画出小分子结构，通过小分子处理软件chimera进行加极性氢和加电荷处理，存为mol2文件。Mol2格式的小分子继而导入autodock4中，将小分子中的可旋转键进行重新设置，存为pdbqt文件待用。 在autodock4中同时导入蛋白活性域和小分子的pdbqt结构，并且以蛋白受体为中心设置一个grid对接区域，之后小分子就可以在此区域内进行计算对接。 计算完成之后得出dlg格式的结果文件，用autodock4自带的打分软件进行对接结果评估。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 彼岸荟萃 |
» 猜你喜欢
重庆交大26年硕士生招生拟调剂通知已出！欢迎加入机器视觉与3D光学成像课题组。
已经有0人回复
-
**
已经有1人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有60人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有3人回复
-
基底STO,薄膜SRO，XRD里面的振荡，是laue震荡还是kiessig振荡? 怎么判断？
已经有2人回复
-
B区学生调剂-兰州交通大学材料科学与工程学院
已经有8人回复
-
山西大同大学物理学专业还有调剂名额，欢迎调剂！
已经有12人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂
已经有11人回复
-
VASP 的一组 GPU / CPU 基准测试记录
已经有0人回复
-
美国顶级物理期刊《应用物理快报》（APL）的编辑欺骗和歧视作者及AIP的官僚主义傲慢
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
罗敏1
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.1
- 散金: 17
- 帖子: 437
- 在线: 407.7小时
- 虫号: 1112364
- 注册: 2010-10-01
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
2楼2013-05-14 18:38:52
3楼2013-05-14 22:07:52
罗敏1
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.1
- 散金: 17
- 帖子: 437
- 在线: 407.7小时
- 虫号: 1112364
- 注册: 2010-10-01
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
4楼2013-05-14 22:40:20
