| 查看: 771 | 回复: 3 | |||
罗敏1新虫 (正式写手)
|
[求助]
大家看下小分子药物与蛋白匹配步骤是不是正确？
|
|
各位虫友: 下面步骤是小分子药物与蛋白匹配步骤，请问是否正确？有无需要改正的地方？ 首先在PDB中检索到活性蛋白的一级序列，然后通过swiss在线回馈得到对应的蛋白活性三级结构。再将蛋白三级结构导入autodock4中进行初步处理后存为pdbqt文件待用。 然后用chemdraw画出小分子结构，通过小分子处理软件chimera进行加极性氢和加电荷处理，存为mol2文件。Mol2格式的小分子继而导入autodock4中，将小分子中的可旋转键进行重新设置，存为pdbqt文件待用。 在autodock4中同时导入蛋白活性域和小分子的pdbqt结构，并且以蛋白受体为中心设置一个grid对接区域，之后小分子就可以在此区域内进行计算对接。 计算完成之后得出dlg格式的结果文件，用autodock4自带的打分软件进行对接结果评估。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 彼岸荟萃 |
» 猜你喜欢
反铁磁体中的磁性切换：两种不同的机制已成功可视化
已经有0人回复
-
求标准粉末衍射卡号 ICDD 01-076-1802
已经有0人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有269人回复
-
新西兰Robinson研究所招收全奖PhD
已经有0人回复
-
石墨烯转移--二氧化硅衬底石墨烯
已经有0人回复
-
笼目材料中量子自旋液体基态的证据
已经有0人回复
-
数学教学论硕士可以读数学物理博士吗？
已经有0人回复
-
德国亥姆霍兹Hereon中心汉堡分部招镁合金腐蚀裂变SCC课题方向2026公派博士生
已经有4人回复
-
澳门大学 应用物理及材料工程研究院 潘晖教授课题组诚招博士后
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
罗敏1
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.1
- 散金: 17
- 帖子: 437
- 在线: 407.7小时
- 虫号: 1112364
- 注册: 2010-10-01
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
2楼2013-05-14 18:38:52
3楼2013-05-14 22:07:52
罗敏1
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.1
- 散金: 17
- 帖子: 437
- 在线: 407.7小时
- 虫号: 1112364
- 注册: 2010-10-01
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
4楼2013-05-14 22:40:20