| 查看: 823 | 回复: 3 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
罗敏1新虫 (正式写手)
|
[求助]
大家看下小分子药物与蛋白匹配步骤是不是正确？
|
||
|
各位虫友: 下面步骤是小分子药物与蛋白匹配步骤，请问是否正确？有无需要改正的地方？ 首先在PDB中检索到活性蛋白的一级序列，然后通过swiss在线回馈得到对应的蛋白活性三级结构。再将蛋白三级结构导入autodock4中进行初步处理后存为pdbqt文件待用。 然后用chemdraw画出小分子结构，通过小分子处理软件chimera进行加极性氢和加电荷处理，存为mol2文件。Mol2格式的小分子继而导入autodock4中，将小分子中的可旋转键进行重新设置，存为pdbqt文件待用。 在autodock4中同时导入蛋白活性域和小分子的pdbqt结构，并且以蛋白受体为中心设置一个grid对接区域，之后小分子就可以在此区域内进行计算对接。 计算完成之后得出dlg格式的结果文件，用autodock4自带的打分软件进行对接结果评估。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 彼岸荟萃 |
» 猜你喜欢
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有3人回复
-
基底STO,薄膜SRO，XRD里面的振荡，是laue震荡还是kiessig振荡? 怎么判断？
已经有2人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有266人回复
-
B区学生调剂-兰州交通大学材料科学与工程学院
已经有12人回复
-
山西大同大学物理学专业还有调剂名额，欢迎调剂！
已经有13人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂
已经有13人回复
-
VASP 的一组 GPU / CPU 基准测试记录
已经有0人回复
-
美国顶级物理期刊《应用物理快报》（APL）的编辑欺骗和歧视作者及AIP的官僚主义傲慢
已经有7人回复
-
津理工大学晶体材料全国重点实验室刘红军教授课题组招收博士生一名
已经有0人回复
-
【原创讨论】从电子约束到物质编辑：一套可迭代的环形磁场科技树
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
罗敏1
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.1
- 散金: 17
- 帖子: 437
- 在线: 407.7小时
- 虫号: 1112364
- 注册: 2010-10-01
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
4楼2013-05-14 22:40:20
