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罗敏1

新虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 407.7小时
虫号: 1112364
注册: 2010-10-01
性别: GG
专业: 合成药物化学

[求助] 大家看下小分子药物与蛋白匹配步骤是不是正确？

各位虫友:
下面步骤是小分子药物与蛋白匹配步骤，请问是否正确？有无需要改正的地方？

首先在PDB中检索到活性蛋白的一级序列，然后通过swiss在线回馈得到对应的蛋白活性三级结构。再将蛋白三级结构导入autodock4中进行初步处理后存为pdbqt文件待用。
然后用chemdraw画出小分子结构，通过小分子处理软件chimera进行加极性氢和加电荷处理，存为mol2文件。Mol2格式的小分子继而导入autodock4中，将小分子中的可旋转键进行重新设置，存为pdbqt文件待用。
在autodock4中同时导入蛋白活性域和小分子的pdbqt结构，并且以蛋白受体为中心设置一个grid对接区域，之后小分子就可以在此区域内进行计算对接。
计算完成之后得出dlg格式的结果文件，用autodock4自带的打分软件进行对接结果评估。

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