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wenwen4599金虫 (正式写手)
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[求助]
请做系统进化或系统地理的筒子们进来看一下，帮帮忙。
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最近在分析数据的时候发现一个奇怪的问题。想请大家帮忙提供一些参考的意见。 我是做系统地理的，在研究过程中扩了两个近缘种的两个线粒体基因（16S和CO1）和两个核基因（PEPCK和H3）。 做系统发生分析的时候发现一个物种其中一个遗传分支（分布区很广）的CO1基因全部只有一个单元型（有差不多三五十个个体，多个种群的）。而较CO1基因更为保守的16S虽然单元型不多，但是也有5个单元型，甚至H3基因都有两个单元型。但是这种情况只发生在这个遗传分支中。该物种的另一个遗传分支单元型非常丰富。另外一个物种的单元型虽然并不多，但也很正常，单元型上来看CO1基因多于16S，线粒体基因多于核基因。 老板提出是不是在扩增的过程中污染了，我觉得这个可能性很小。虽然不是每次都做了空白对照，但是多数情况下还是有空白对照的。另外一批模板同时也扩增的16S中的不同个体间是有序列变异的。如果是引物的问题，另一个物种和另一个支系的单元型却明显有差异。 请大家不吝赐教，如果有一些理论可以解释这个现象，最好把参考文献列一下，谢谢大家！ |
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