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huanghs50

铁虫 (小有名气)

[求助] 位移参数修改

最近投了一篇文章到 J.Mol.Struct.,审稿人说Na的位移参数有问题,需要修改. 审稿意见如下:
Reviewer #1: This well written paper lacks in a detailed analysis of the displacement parameters in the structure. The sodium atom apeears isotropically refined, with an enormously large value; considering it to be the heaviest atom in the structure, this is unusual. My suspicion is that the sodium atom may be disordered, my suspicion supported by larger thermal parameters of the oxygen close by and a rather large R1 value.
Thus, the authors need to 1) resolve the Na-displacement parameter problem, 2) submit a cif-file, 3) provide a checkcif output, without which the paper cannot be accepted.
Although these improvements will not make any change to the argumentation in the manuscript, it will enhance the quality of the presented data considerably.
哪位高手帮忙解答下这个问题, 修改一下cif, 谢谢!
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  • 附件 1 : NaTNM.cif
  • 2013-05-11 17:36:14, 9.88 K

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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)


updayday: 金币+1, 感谢您的热心参与 2013-05-16 02:59:49
Na原子要作无序处理,处理后发新生成的cif文件和checkcif给审稿人估计就接受了。
2楼2013-05-11 18:40:00
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)


updayday: 金币+1, 感谢您的热心参与 2013-05-16 03:00:09
O1 O 0.5121(5) 0.6054(5) 0.6588(5) 0.0519(12) Uani 1 1 d . . .
O2 O 0.3717(5) 0.3834(5) 0.6676(5) 0.0517(12) Uani 1 1 d . . .
O3 O 0.1270(5) 0.4945(5) 0.8142(4) 0.0418(10) Uani 1 1 d . . .
O4 O -0.0735(4) 0.5857(4) 0.6447(4) 0.0365(9) Uani 1 1 d . . .
O5 O 0.0524(5) 0.8131(5) 0.4950(4) 0.0455(11) Uani 1 1 d . . .
O6 O 0.3049(5) 0.7508(4) 0.4403(4) 0.0373(10) Uani 1 1 d . . .
N1 N 0.3763(5) 0.5306(5) 0.6513(4) 0.0295(10) Uani 1 1 d . . .
N2 N 0.0824(5) 0.5628(4) 0.6962(4) 0.0260(9) Uani 1 1 d . . .
N3 N 0.1867(5) 0.7301(5) 0.5151(4) 0.0278(9) Uani 1 1 d . . .
C1 C 0.2141(6) 0.6145(5) 0.6214(5) 0.0244(10) Uani 1 1 d . . .
Na1 Na 0.7350(5) 0.8883(5) 0.6249(5) 0.1017(14) Uani 1 1 d . . .

你的Na原子的位移参数为0.1017(14),本来一般是在0.05左右,所以审稿人认为Na原子应该劈裂为2部分,即所谓的无序。重新精修估计就能解决这个问题的。
3楼2013-05-11 18:45:38
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huanghs50

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ljmmarise at 2013-05-11 18:45:38
O1 O 0.5121(5) 0.6054(5) 0.6588(5) 0.0519(12) Uani 1 1 d . . .
O2 O 0.3717(5) 0.3834(5) 0.6676(5) 0.0517(12) Uani 1 1 d . . .
O3 O 0.1270(5) 0.4945(5) 0.8142(4) 0.0418(10) Uani 1 1 d . . .
O4 O ...

非常感谢你的解答!但系统提示好像不能送金币,不知为什么。。。
4楼2013-05-11 21:37:31
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huanghs50

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ljmmarise at 2013-05-11 18:45:38
O1 O 0.5121(5) 0.6054(5) 0.6588(5) 0.0519(12) Uani 1 1 d . . .
O2 O 0.3717(5) 0.3834(5) 0.6676(5) 0.0517(12) Uani 1 1 d . . .
O3 O 0.1270(5) 0.4945(5) 0.8142(4) 0.0418(10) Uani 1 1 d . . .
O4 O ...

顺便问一下,重新精修的时候,除了需要CIF文件,还需要别的文件吗?谢谢!
5楼2013-05-11 21:39:29
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
updayday: 金币+5, 感谢您的热心应助 2013-05-16 03:01:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by huanghs50 at 2013-05-11 21:39:29
顺便问一下,重新精修的时候,除了需要CIF文件,还需要别的文件吗?谢谢!...

重新精修的时候,还需要ins,res,hkl三个文件吧。cif到是不需要。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2013-05-11 23:21:07
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huanghs50

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by ljmmarise at 2013-05-11 23:21:07
重新精修的时候,还需要ins,res,hkl三个文件吧。cif到是不需要。...

谢谢!
7楼2013-05-12 00:53:30
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