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陈正启

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何判断ORF是不是完整的

想根据转录组来做ORF全长的克隆,但不是不确定怎么判断ORF是不是完整的,请教各位!
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陈正启

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by grape_vine at 2013-05-14 10:20:14
1 BLAST分析基本上可以确定你拿到的序列(CDNA序列,基因组的可能还要复杂一点,下同)所包含的本基因家族的主体结构域是不是都存在,这是第一个证据.
2 BLAST同时可以提供这个基因家族核酸序列的长度,如果都与你拿到的 ...

很受用,谢谢啦!
12楼2013-05-16 11:27:47
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查看全部 13 个回答

Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这是个好问题,先去比对一下吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-05-04 00:58:20
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意孤城_

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
陈正启(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-08 22:52:37
把你的基因序列放在clonemessage中,可以帮你寻找ORF
3楼2013-05-04 20:46:54
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niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-05 10:48:05
可以去NCBI网站,使用blast工具里的blastx做比对,和数据库里面已知的同源蛋白做比较,应该可以获得一些关于你的ORF是否是全长的信息。如果你的ORF和比对上的同源蛋白序列完全比对上了,基本能都说明ORF是完整的了。
Stop fighting,let it flow.
4楼2013-05-04 21:38:55
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