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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)

[求助] 基于同一结构不同程序转化后的到的坐标不一样?求解...

在使用dalton程序时,使用了Qdalton小程序将gaussian得到的输出格式进行了转化,格式转化以后,发现Qdalton得到的坐标与gaussian对应的坐标不一样,这样对计算的影响大吗?若是有影响,应该使用gaussian View转化得到的坐标还是用QDalton得到的坐标?
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坚强的理由造就非凡的人生!
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yanrding

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2013-04-29 20:40:24
迷茫的小飞侠: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-04-30 20:24:32
有可能只是坐标旋转了一下,不影响分子内原子间的键长键角数据就可以。
华北电力大学(北京)数理学院,计算化学,凝聚态物理。欢迎合作!招硕士/博士研究生,招老师。
2楼2013-04-29 10:57:35
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stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个是原则问题,每个软件都不会开玩笑的,都一样。
3楼2013-04-29 20:13:56
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zhouwohua

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
迷茫的小飞侠: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-04-30 20:28:20
你的分子有对称性吗?有对称的时候限制下对称点群,gaussian计算有对称性限制分子的时候,坐标都是可以直接用操作矩阵进行变换复原的。
学无止境;天天学习;努力向上。
4楼2013-04-30 09:51:10
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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhouwohua at 2013-04-30 09:51:10
你的分子有对称性吗?有对称的时候限制下对称点群,gaussian计算有对称性限制分子的时候,坐标都是可以直接用操作矩阵进行变换复原的。

分子没有对称性,在计算的时候基本考虑非限制线对称;如是这样,用不同的程序时,即使坐标发生变化,对应的结构参数是不是实质上是没有变化的呢?谢谢
坚强的理由造就非凡的人生!
5楼2013-04-30 20:24:13
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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yanrding at 2013-04-29 10:57:35
有可能只是坐标旋转了一下,不影响分子内原子间的键长键角数据就可以。

可不可以理解成使用不同程序对同一结构进行坐标转化时是按照一定的关系进行变通,这样只是对坐标进行了一个“更换”,其实质上的结构性质一般不会发生改变?
坚强的理由造就非凡的人生!
6楼2013-04-30 20:27:53
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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yanrding at 2013-04-29 10:57:35
有可能只是坐标旋转了一下,不影响分子内原子间的键长键角数据就可以。

可不可以理解成使用不同程序对同一结构进行坐标转化时是按照一定的关系进行变通,这样只是对坐标进行了一个“更换”,其实质上的结构性质一般不会发生改变?
坚强的理由造就非凡的人生!
7楼2013-04-30 20:28:07
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yanrding

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不放心的话你可以检查比较一下距离矩阵看看。
华北电力大学(北京)数理学院,计算化学,凝聚态物理。欢迎合作!招硕士/博士研究生,招老师。
8楼2013-04-30 22:02:23
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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by stalart at 2013-04-29 20:13:56
这个是原则问题,每个软件都不会开玩笑的,都一样。

不是太明白?
坚强的理由造就非凡的人生!
9楼2013-04-30 22:37:46
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stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
迷茫的小飞侠: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-05-02 16:46:55
就是说一转换结构都变了,你说这个软件是不是要被kill了。
10楼2013-05-01 08:31:33
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