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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 那种分子手段可以表征微生物群落结构中每个类群相对量的动态变化？
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by shelly9018 at 2013-04-26 21:55:00
这样来表述吧，我要看细菌群落的动态变化，想看群落里面有没有具有特征性变化的种群，所以想要寻找一种能够在一定标准上进行横向比较的定量方式，不知道表述的清不清楚...

寻找一种能够一定标准上进行横向比较的定量方式？没大看明白，楼主能说得具体一点么，或者举个例子也行。
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好好努力
11楼2013-04-27 08:28:56
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shelly9018

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-04-27 08:28:56
寻找一种能够一定标准上进行横向比较的定量方式？没大看明白，楼主能说得具体一点么，或者举个例子也行。...

就是不同样本之间同一种类群的量怎样做才能进行比较
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12楼2013-04-27 08:48:26
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by shelly9018 at 2013-04-27 08:48:26
就是不同样本之间同一种类群的量怎样做才能进行比较...

用16S rRNA文库可以做到半定量。
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好好努力
13楼2013-04-27 13:03:20
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shelly9018

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-04-27 13:03:20
用16S rRNA文库可以做到半定量。...

哦，谢谢
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14楼2013-04-27 15:18:49
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璐水儿

新虫 (初入文坛)
你好！看见是两年前的贴子了，但是还是想试着问问。我现在的实验思路有点类似你的，想看看污泥中的微生物类型的变化。不知道你后来是怎么处理这个问题了？谢谢！
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15楼2015-03-09 15:41:07
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南大微生物

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by shelly9018 at 2013-04-26 21:55:00
这样来表述吧，我要看细菌群落的动态变化，想看群落里面有没有具有特征性变化的种群，所以想要寻找一种能够在一定标准上进行横向比较的定量方式，不知道表述的清不清楚...

做Mi-seq貌似可以看出来
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16楼2015-03-10 14:56:37
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南大微生物

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by shelly9018 at 2013-04-26 21:55:00
这样来表述吧，我要看细菌群落的动态变化，想看群落里面有没有具有特征性变化的种群，所以想要寻找一种能够在一定标准上进行横向比较的定量方式，不知道表述的清不清楚...

做Mi-seq可以看细菌群落的动态变化吧
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17楼2015-03-10 14:58:10
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tomjena2015

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你师姐说的并不完全对。 根据你的情况目前比较可行的还是做DGGE。
你可以不同时间点采样，把样品冻在-80度冰箱里。 等所有的样品都采集完毕后，再同时提取所有样品的DNA，尽量不人为添加分析误差。然后同时跑DGGE。 跑完先照胶图，把数据存到QUANTITY ONE 里备用。 然后观察你的胶，找到在水平位置到随时间有变化的条带， 切胶回收，PCR， 测序， BLAST， 如果是一个SPECIES，那么你的问题就解决了，但是如果不是同一个SPECIES，那么这个方法就不行了，总之有50%的成功机率，你可以试试。
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18楼2015-03-11 02:36:18
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