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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 那种分子手段可以表征微生物群落结构中每个类群相对量的动态变化？
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shelly9018

新虫 (小有名气)

[求助] 那种分子手段可以表征微生物群落结构中每个类群相对量的动态变化？ 已有2人参与

如题，那种分子手段可以表征微生物群落结构中每个类群相对量的动态变化？实验室一般是用DGGE来分析微生物的群落结构变化的，但是师姐说只能根据条带的有无看存在哪些类群，但是每个泳道的横向比较则没有什么意义，即使上样量一样，也只能作为一个判断，不能作为定量的数据来分析这个类群在整个实验分析中的动态变化，我是做湖泊底泥中的微生物生态的，想要定量一点的数据看能是否一些特殊的类群变化与一些物质产生的关系相关，所以恳请各位大侠帮帮忙，我需要用什么技术手段更好！！！！
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1楼 2013-04-26 11:43:12
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tomjena2015

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你师姐说的并不完全对。 根据你的情况目前比较可行的还是做DGGE。
你可以不同时间点采样，把样品冻在-80度冰箱里。 等所有的样品都采集完毕后，再同时提取所有样品的DNA，尽量不人为添加分析误差。然后同时跑DGGE。 跑完先照胶图，把数据存到QUANTITY ONE 里备用。 然后观察你的胶，找到在水平位置到随时间有变化的条带， 切胶回收，PCR， 测序， BLAST， 如果是一个SPECIES，那么你的问题就解决了，但是如果不是同一个SPECIES，那么这个方法就不行了，总之有50%的成功机率，你可以试试。
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18楼2015-03-11 02:36:18
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shelly9018: 金币+5 2013-04-26 14:43:15
qPCR+linage_specific primers
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
2楼2013-04-26 13:11:36
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490599702

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
FISH相对定量，不同菌种加不同荧光标记探针。
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3楼2013-04-26 13:29:51
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shelly9018

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kiruwa at 2013-04-26 13:11:36
qPCR+linage_specific primers

可是对于我来说我还没有特定要观测的类群，而是要去寻找整个类群是有哪些的变化是比较显著的，值得关注并与特定物质的含量的动态变化做相关性讨论的，针对的是环境底泥中的微生物，特定引物的方法只能是有针对性的目标时才行吧，不知道我理解的对不对！
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4楼2013-04-26 14:46:33
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