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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 那种分子手段可以表征微生物群落结构中每个类群相对量的动态变化？
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shelly9018

新虫 (小有名气)

[求助] 那种分子手段可以表征微生物群落结构中每个类群相对量的动态变化？ 已有2人参与

如题，那种分子手段可以表征微生物群落结构中每个类群相对量的动态变化？实验室一般是用DGGE来分析微生物的群落结构变化的，但是师姐说只能根据条带的有无看存在哪些类群，但是每个泳道的横向比较则没有什么意义，即使上样量一样，也只能作为一个判断，不能作为定量的数据来分析这个类群在整个实验分析中的动态变化，我是做湖泊底泥中的微生物生态的，想要定量一点的数据看能是否一些特殊的类群变化与一些物质产生的关系相关，所以恳请各位大侠帮帮忙，我需要用什么技术手段更好！！！！
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1楼 2013-04-26 11:43:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shelly9018: 金币+5 2013-04-26 14:43:15
qPCR+linage_specific primers
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
2楼2013-04-26 13:11:36
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by kiruwa at 2013-04-26 20:35:36
不明白你说什么 拗口啊...

照楼主的意思，是要看整个群落的变化。如果不是很严格的话，可以用通用引物建立文库了，（是只看细菌吗？）文库是一种半定量的方法。
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好好努力
8楼2013-04-26 21:07:01
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-04-26 21:07:01
照楼主的意思，是要看整个群落的变化。如果不是很严格的话，可以用通用引物建立文库了，（是只看细菌吗？）文库是一种半定量的方法。...

恩 我也觉得是，可以用细菌通用银五来做
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
9楼2013-04-26 21:31:47
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普通回帖

490599702

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
FISH相对定量，不同菌种加不同荧光标记探针。
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3楼2013-04-26 13:29:51
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shelly9018

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kiruwa at 2013-04-26 13:11:36
qPCR+linage_specific primers

可是对于我来说我还没有特定要观测的类群，而是要去寻找整个类群是有哪些的变化是比较显著的，值得关注并与特定物质的含量的动态变化做相关性讨论的，针对的是环境底泥中的微生物，特定引物的方法只能是有针对性的目标时才行吧，不知道我理解的对不对！
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4楼2013-04-26 14:46:33
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shelly9018

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 490599702 at 2013-04-26 13:29:51
FISH相对定量，不同菌种加不同荧光标记探针。

问题是我现在还没有目标性要关注的类群，而是要先寻找，这样的话我的标记性探针就无从制备，有没有适合前期有相对比较好的定量效果的，然后再利用特定的探针去验证那些寻找到的认为值得关注的类群。
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5楼2013-04-26 14:50:05
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shelly9018 at 2013-04-26 14:46:33
可是对于我来说我还没有特定要观测的类群，而是要去寻找整个类群是有哪些的变化是比较显著的，值得关注并与特定物质的含量的动态变化做相关性讨论的，针对的是环境底泥中的微生物，特定引物的方法只能是有针对性的 ...

不明白你说什么 拗口啊
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
6楼2013-04-26 20:35:36
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shelly9018

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by kiruwa at 2013-04-26 20:35:36
不明白你说什么 拗口啊...

额，我表述的不好的，你能不能跟我讲下qPCR+linage_specific primers是怎么做的，我才知道能不能达到我想要的目的，抱歉哈，我还没有开始做实验，很多方法都不懂！
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7楼2013-04-26 20:54:15
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shelly9018

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-04-26 21:07:01
照楼主的意思，是要看整个群落的变化。如果不是很严格的话，可以用通用引物建立文库了，（是只看细菌吗？）文库是一种半定量的方法。...

这样来表述吧，我要看细菌群落的动态变化，想看群落里面有没有具有特征性变化的种群，所以想要寻找一种能够在一定标准上进行横向比较的定量方式，不知道表述的清不清楚
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10楼2013-04-26 21:55:00
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