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yiran870804

新虫 (小有名气)

[求助] Gromacs怎么把一个球放在盒子中心

1. Gromacs中有什么命令，能把一个球放在盒子中心？
2. 如果受周期边界影响，一个球在盒子两侧，怎么把它移到盒子中心？


麻烦帮帮忙，感激不尽~
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1楼 2013-04-25 16:37:32
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-27 08:55:35
VMD里面有一个PDB WRAP插件可以满足你这两种要求

比如你的第二个问题，用这句话就可以了，假设你的球是resname BAL
pbc wrap -sel "all" -all -center com -centersel "resname BAL" -compound res -shiftcenter {0 0 0}
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3楼2013-04-27 00:47:49
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gromacs

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-27 08:55:26
yiran870804: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦~ 2013-04-29 20:58:37
editconf -c -center -box足以满足你的需求
赞一下(2人) 回复此楼
"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
2楼2013-04-26 22:01:58
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