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shelly9018

新虫 (小有名气)

[交流] 可以用什么分子技术,分析环境中微生物群体的数量啊,如底泥的微生物数量的变化 已有5人参与

如题,想做底泥中细菌数量的变化,能够用什么分子技术来实行比较好的定量呢,是不是RT-PCR可以呢,那它是怎样做的,也是针对16rRNA基因的数量拷贝来分析的嘛?望大家提供宝贵意见和经验!
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
qPCR就可以了,不用搞的那么复杂。
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
4楼2013-04-24 21:09:23
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查看全部 7 个回答

cz200717

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助! 2013-04-24 21:10:48
貌似RFLP、DGGE和RT-PCR都可以吧!
2楼2013-04-24 18:58:44
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闲花落地

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
laozuzunzhe: 金币+5, good! 2013-04-24 21:11:16
可以通过绝对定量PCR,即RT-PCR进行定量检测,不过做之前要制备对应检测基因的标准品
另一种做法是半定量法,将对应基因缺失一部分制成内标,制备成不同梯度的内标样品,将土壤DNA和不同浓度内标样品混合,PCR扩增目的基因,比较2个模板竞争性PCR产物的亮弱,亮度相同的结果即可定量待测土壤中微生物的量。
16S rRNA基因定量结果不是最终的微生物数量,需要除以3.4,因为不同微生物16S rRNA基因的拷贝数不同,平均值在3.4左右。
3楼2013-04-24 19:50:46
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cz200717 at 2013-04-24 18:58:44
貌似RFLP、DGGE和RT-PCR都可以吧!

RFLP过时了 DGGE不能定量。
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
5楼2013-04-24 21:10:14
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