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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助有关生物信息学的
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erlei

木虫 (正式写手)

[求助] 求助有关生物信息学的

本人刚接触生物信息学软件，现在老师让我从线粒体基因组全序列中将所有单个的编码基因析出，一个一个的析出太慢了，时间不够，老师自己对这块不懂，让我自己弄，我没学过，希望有人可以指点帮忙
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1楼 2013-04-21 09:51:41
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genomelin

银虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by erlei at 2013-04-27 03:21:15
谢谢您、可以麻烦您把那个软件传给我吗？谢谢！...

Sorry, upload failed in last post
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13楼2013-04-28 13:53:41
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137167741

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, 谢谢参与，不过回帖更倾向于交流，而不是应助 2013-04-23 07:05:01
第一、什么物种
第二、什么叫“析出”
赞一下 回复此楼
总有一天我要修改用户名。
2楼2013-04-22 09:37:32
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erlei

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-04-22 09:37:32
第一、什么物种
第二、什么叫“析出”

双壳纲
析出是就是将十二个编码基因从线粒体全基因组序列中截取下来
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-22 10:24:48
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genomelin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+10, BioEPI+1, 感谢热心的回答 2013-04-24 06:31:58
GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/OrganelleResource.cgi?opt=organelle&taxid=6544"
click "Download"-> "download the list of accessions"-> fileA
GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez"
upload the fileA and got the all GBk webpage
click "send to" to save file with "Genebank full " -> file B

install perl and bioperl package
run "perl GetCds.pl fileB FileYouWanted"

GetCds.pl :

#!/usr/bin/perl
use Bio::SeqFeatureI;
use Bio:erl;
use Bio::Seq;

my %species;
@seq=read_all_sequences("$ARGV[0]",'genbank');
$flag=1;
foreach $seqobj (@seq) {
        @features=$seqobj->get_SeqFeatures();
        foreach $feat (@features) {
                if($feat->primary_tag eq 'CDS'){
                        print "$feat\n";
                        @name=$feat->get_tag_values('gene');
                        $name=join "",@name;
                        open OUT,">>$ARGV[1]";
                        print OUT '>'.$seqobj->desc().$name."\n";
                        print OUT $feat->seq->seq()."\n";
                        close OUT;
                }
        }
}
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4楼2013-04-23 07:06:38
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