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朽木之痕

铁虫 (小有名气)

[求助] 生物信息学拼接了一个contig,觉得不怎么对劲,求前辈帮忙看下

Contig 2 (1,2281)
  Contig Length:                 2281 bases
  Average Length/Sequence:        529 bases
  Total Sequence Length:        41844 bases
  Top Strand:                      19 sequences
  Bottom Strand:                   60 sequences
  Total:                           79 sequences
^^
DNASSSNttttggcDNASSSTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTTACAATAATGACTTTATTTTAACATATTTAATTACAGACATAAAATAGCTGGGGAAGGGGGTGCGCCCCAGCCGAGCCCCACCCTGGGGCTGCCAGGAGGGGGGTGCAGGTGAGGCCTCCCTGACGACCCTCCTTCCAGGGGTCTTCCTATGGCGGGGCCCTATTGCTTTAGCAGGGGAGGGGCCATGCAAGTAAGGGGGGCGGGGAAGCCTCTGGGCCCCACCCCCCCACGGCTGTGCTGGCCTTCCTCCAGAATGCCCGGTCGGCGCCCCACCCTCAGCCTCTCCACCTCCSTCTTCTTTGTCGGGGGAGCAGACCATGTGGCCAGCCCCCCACCCCCTCTGCAAACCTAAAGGGGAATAAATACAAACTTTACAAAGTAAAAGGGGGTCCAACGTTGCCCTGGGCCGGGCCTGGGGTCGATGGGGAGCAGGGCCCTGCCACGCGGGCCTCACATCATCCCTAACTGCAGCAGCGTGCTGGCGTAGGCCATGGGCTTGACGTCGGGGTGAGGCACTGCTGTGAACTGGTGGAACTGGGGCCGCAGGTCAGCGCCCCGGAGGTGGATGTAGGCGGCTTTGTTCCCCATCTGGTCGCAGTAGTTGGGGGCAGAGAAGACGGTGACGCAaGCGGCCGCCGTGCGCCACCTCGTAGCCCTCGGCCTTGACCTCGTGGCTGCGGATGATGTAATCCAGCTTGTTCTCCTCCAGGAAGGCCTTGGTGACATCGGGCCCGAACTGGCAGCTCACGCCCCGCTTGCTGACCGAGCGCCCGTTCTGCGGCTGCGGGTCGGACCAGAGCAGGTCGCACATGGGACCTGAATCTGGGGGCTGCCGACTCCGCTCGATCTTCCTGATGTCGTCCAGGGTGACGCCGTCTTCACTGAACAAGCCCCCGTGCATGATCAGCACTTTGCCATTGATGCACTGGGCCAGCGGGAGCCACTCGAACACCTCGCTGAAGAGCTCGTACATCTGGGCTGTGTACTTGGCCTTCACCTCCCCCTCGAAGCCATAGATCTGGTTCATGTTGTCCGTCTCATGGTTGCCTCGAAGTAAGTGAAAGTGATCTGGGTACAAGAGCTTAAAGCCAAAAAGGGTGAGGATCACTTCTACGGAGAAGGAGCCACGATCCACAAAGTCGCCATTAAATATGTAGGGGTTGGTCTCCGAGGGTAAACCGTTGAGCTCAAATATGTTCAGGAGGTCATAGAACTGGCCGTGGGTGTCCCCGCACACTGTAATCTTCTCTGTCTCTTTGAGTGTGGTCTCCACAAGTGTGCTCAGCTTGGAGAGGACCTCTTTGACCTGTACTAGAATCTGGTAGGCGCACTTCCGGTGCAGCTTCTTCTGGTCCTTGTACCACTGCATGAGCTCCTTCATGAAGGTGATTGTCACCCTGCCGTCCTCCAGCTTGGGCCCACTGTACTCATCCTCGATGGTCATGCTCTCGATGTCGAGTGAGTCCACGACAGAGCGCTTGTGCTCGTCGCCCGCAATGGCCCGCTCAAAGGCCTTCTGCTTCACGATCTTGTTGCACTCCTGGTACTTCATCTTGGCATCCTTGTCATGTGGCTTCACCTTCACCACCGTCTCGTAGTCACGCAGGGCGGCCCGGAACTTGCCCAGCGCCATGTTGCTGGCAGCCCGGCGGTAGTAGCCCTTGATGTACTTCTTGTCCATCTCGACGGCCCGCGTGGCGTCGGCCAGCGCGTAGCCGTAGCACTCGGTGCGCAGGTAGGCCAGGCTGCGGTTGCCATAGTAGATGGCGTTGCTGGGGTTCAGCTCGATGGCCTGGCTGTAGAACTTGATGGCGTTCTCGTAGTCCTTGGCTTTGAAGTAGTCGTTGGCCTGCGTCTTGAGCTCCTCTGCCCTCTTCAGAGCGCCATCAGCCGGGGGCTCGTCCCGGGGGGGCTCAGCACACTCAGTCCGCTCGCCCTCCGCCATCGCCATGCCGCAAAGCGACCCCCACCCTGGCAACGGCCTCCAGCGGCACCCGGCCGAATCGTCgCgAAGSActcggcaatccacacaatgttgcgacactcctgctccttgagcttcacaaaggcatagaaaacaccaaagtggaactggttcagaaaggccaacttgttcagtttcacctcgtgctcgaagaatcggtcctccagggtcttgtctccagggttgctgcggacgcgtggSSSTNH

怎么开头是DNASSN。。结尾又有问题啊
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志中

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
朽木之痕: 金币+10, 有帮助 2013-04-29 18:55:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by 朽木之痕 at 2013-04-21 20:42:06
拼接的是牛ppp5c的基因。。用的好像是editseq。。常规软件
...

我的意思不是这样的,我是说你的基因有多少条序列,什么格式,每个位点出现多少次。而且这儿editseq没听说能拼接啊
为了求知而活得有意义,为了有意义而追求创新
4楼2013-04-22 19:44:41
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志中

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 有道理 2013-04-21 08:27:23
最好要明确下你用的什么软件,拼接的是什么的数据
为了求知而活得有意义,为了有意义而追求创新
2楼2013-04-20 19:25:32
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朽木之痕

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 志中 at 2013-04-20 19:25:32
最好要明确下你用的什么软件,拼接的是什么的数据

拼接的是牛ppp5c的基因。。用的好像是editseq。。常规软件

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2013-04-21 20:42:06
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朽木之痕

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 志中 at 2013-04-22 19:44:41
我的意思不是这样的,我是说你的基因有多少条序列,什么格式,每个位点出现多少次。而且这儿editseq没听说能拼接啊...

汗。。。不过我已经解决了。。主要是做重叠群的时候没有取舍好。。谢谢啦
5楼2013-04-29 18:55:33
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