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[求助]
gromacs中的oplsaa是什么版本，2001or2005
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| 想用gromacs，opls力场做模拟，结果力场参数不够。看别人类似的文章说是opls2005力场，而gromax中opls力场给的引用文献为2001,请问gromacs自带的opls力场是什么版本？ |
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 Gromacs |
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3楼2013-04-19 09:27:03
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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你得看看你自己所使用的gromacs版本吧？ 你打一个 pdb2gmx 回车就可以看到： 比如我的版本： Select the Force Field: From '/share/gromacs/top': 1: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003) 2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995) 3: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996) 4: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000) 5: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006) 6: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010) 7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002) 8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0 9: GROMOS96 43a1 force field 10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals) 11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205) 12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) 13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) 14: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals) 15: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges 16: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges 17: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual) 18: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR |
2楼2013-04-18 22:24:29
4楼2013-04-19 09:30:22
6楼2013-04-19 11:03:34