| 查看: 1372 | 回复: 6 | ||||
[求助]
gromacs中的oplsaa是什么版本，2001or2005
|
| 想用gromacs，opls力场做模拟，结果力场参数不够。看别人类似的文章说是opls2005力场，而gromax中opls力场给的引用文献为2001,请问gromacs自带的opls力场是什么版本？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gromacs |
» 猜你喜欢
A期刊撤稿
已经有5人回复
-
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有8人回复
-
26申博自荐
已经有7人回复
-
想换工作。大多数高校都是 评职称时 认可5年内在原单位取得的成果吗？
已经有4人回复
-
带资进组求博导收留
已经有9人回复
-
求助大佬们，伤口沾上了乙腈
已经有6人回复
-
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有9人回复
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
你得看看你自己所使用的gromacs版本吧？ 你打一个 pdb2gmx 回车就可以看到： 比如我的版本： Select the Force Field: From '/share/gromacs/top': 1: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003) 2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995) 3: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996) 4: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000) 5: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006) 6: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010) 7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002) 8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0 9: GROMOS96 43a1 force field 10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals) 11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205) 12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) 13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) 14: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals) 15: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges 16: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges 17: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual) 18: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR |
2楼2013-04-18 22:24:29
3楼2013-04-19 09:27:03
4楼2013-04-19 09:30:22
5楼2013-04-19 09:36:22
6楼2013-04-19 11:03:34
tim562944200
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 963.2
- 散金: 297
- 红花: 4
- 帖子: 210
- 在线: 100.5小时
- 虫号: 2525506
- 注册: 2013-06-29
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
7楼2014-01-13 15:24:21