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_在路上_

新虫 (正式写手)

[求助] 求助A类错误:Coordinates do not Form a Properly Connected Set

麻烦问下我一个结构在解析的时候R1,wR2都在3%以下了,但是就是有这样一个A类错误:Coordinates do not Form a Properly Connected Set

请问这个错误怎么解决呢,我用shelx解结构,大概搜了下,都不知道大家说的XP是啥意思,而且别人是加氢后产生的,不加氢则没有,我把C,N上的氢去掉还是有这个错误,好像跟别人的不大一样... 麻烦知道的具体讲解下,怎么解决。我知道可能是我用原子用中心对称空间群把连到一起的一个分子给分成两部分了。非常感谢!重币感谢!

还有,麻烦问下,在解结构的时候,用中心对称空间群和非中心对称空间群都可以把R1和wR2降得比较低,但是用非中心对称空间群,总会有说C,N,F等原子ADP 非正;如果用中心对称空间群,则本来是一个分子却在解出的结构里分成了两部分,当然到最后看结构的时候通过对称性和原子链接能连到一起。(在打SHG光学测试前讨论。)请问有大侠对这比较有经验的吗?

重币感谢!

[ Last edited by _在路上_ on 2013-4-19 at 00:12 ]
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hz5852613

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
_在路上_: 金币+10 2013-05-15 12:03:30
第一个问题:有可能你没有解完全,除了氢之外还有较大的残余Q峰,或则是较重原子定错了。建议把现在的结构Destroy ,然后重解一遍。
第二个问题:一般低对称的空间群比较容易解出大致的结构,但是你还需要做一步升空间群,要用一个pwt的软件,输入数据,它会自动推荐你新的空间群。如果结构分裂成两部分,你应该尝试将这两个部分连接成键,可以使用Move to Symmetry Equivalent Site
2楼2013-05-13 19:54:25
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)

不提供晶体解析服务

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
_在路上_: 金币+2 2013-05-15 12:03:39
这个错误貌似是对称操作造成的。特别留意一下游离的溶剂,最好在Mercury中看下,是否有若作用的那种游离分子
记忆像是掌心里的水,不论你摊开还是紧握,终究还是会从指缝中一滴一滴流淌干净。
3楼2013-05-14 17:06:03
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
_在路上_: 金币+4 2013-05-15 12:03:51
利用对称操作对晶胞结构进行重新组装。好象版内有类似提问,XI2004老师做过回答。
可以将数据发上来,大家讨论验证一下。
4楼2013-05-14 17:29:30
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