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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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emanlee

木虫 (小有名气)

[求助] 请问如何知道RNA-Seq读段是否包含adapter接头

如何知道RNA-Seq读段是否包含adaptor?
(1)从 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX025783 下载了NCBI sra的数据,不知道该数据是否已经去除了adaptor?
(2)是不是默认情况下,NCBI sra的数据都没有adaptor?
(3)从sra的读段数据就可以判断是否包含adaptor?比如所有读段在两端或一段包含相同的碱基,就认为这些是adaptor?

[ Last edited by emanlee on 2013-4-18 at 08:46 ]
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yinzhangqian

铜虫 (小有名气)

请问 你如何将SRA数据转化为 FASTA格式呢?
求索
2楼2013-05-03 16:58:46
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wubingran

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我下载SRA的数据,貌似没有,不过也不排除那些未去除干净的。

所以一般在mapping之前,最好还是评估一下,推荐一下prinseq这个软件,里面有对这个的评估!
3楼2013-07-05 11:36:47
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