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太白击剑

铁杆木虫 (正式写手)


[交流] cif中分数占据和用MS建结构计算的问题

我最近要做一些计算的工作,研究对象是MgY4(SiO4)3O这种晶体,在ISCD中查到它的晶格参数和原子位置,如图所示,但是没找到*.cif文件。我在ISCD晶体库中找了一个晶格类型和对称性与之一样的晶体Cd5(PO4)3OH,然后将其中的原子坐标等相关信息换成了MgY4(SiO4)3O,得到的cif文件在附件中。将这个cif文件导入到MS中(图2)发现,应该是Mg原子的地方,图形中显示的是Mg(绿色的小球),但选中之后左下角的详细信息栏中却显示是一个Y原子。后来注意到一点,MgY4(SiO4)3O的ISCD数据中,这个位置上Mg和Y是分数占据的,占据数为0.5,那么这种情况我应该怎样确定这个位置上应该放置哪个原子。还有一个问题就是化学式中显示只包含26个O原子,但是在这个元胞中是38个O原子,这是为什么。对于分数占据我在小木虫上找到一些相关的帖子,有一种叫虚晶近似的方法可以处理,但是因为我要计算的是用其他的一些杂志原子替换Mg和Y,所以需要确定Mg和Y的具体的位置。这里面可能有不少地方我弄错了,我也是第一次接触到晶体这一块的知识,所以请高手不吝赐教。谢谢!
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  • 附件 1 : ICSD9999.cif
  • 2013-04-13 10:55:06, 2.21 K

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太白击剑

铁杆木虫 (正式写手)


貌似图没上传上去啊。
2楼2013-04-13 10:56:48
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太白击剑

铁杆木虫 (正式写手)


这回应该能传上去了吧

图1.jpg



图2.jpg

4楼2013-04-13 18:59:35
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大堂9999

金虫 (小有名气)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
太白击剑: 金币+2 2013-09-25 10:05:10
不要从cif导入,自己从头输入建模试试
5楼2013-04-15 17:03:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
2013-04-13 10:57   回复  
图1
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