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dadalia

木虫 (小有名气)

[求助] perl 语言小程序求助

希望从输入文件中提取一部分信息作为输出文件，需要用perl语言写，麻烦大家给个最标准的写法，这是一个小测试，不知道如何写才是最能得分的
输入文件：

   SW   perc perc perc  query                position in query        matching       repeat           position in repeat
score   div. del. ins.  sequence             begin  end      (left)   repeat         class/family   begin  end    (left)  ID

  476   22.2 11.7  4.1  AC189398-KBrB056G23    3194   3423 (103578) + ATHATN3        DNA/hAT-Ac        269    554    (0)   2  
  551    1.5  0.0  1.5  AC189398-KBrB056G23    4834   4902 (102099) + (TA)n          Simple_repeat       1     68    (0)   3

要求的输出文件：
##gff-version 3

AC189398-KBrB056G23        RepeatMasker        dispersed_repeat        3194        3423        476        +        .        Target=ATHATN3 269 554
AC189398-KBrB056G23        RepeatMasker        dispersed_repeat        4834        4902        551        +        .        Target=(TA)n 1 68

看起来可能比较乱，附件中提供了文本格式的，谢谢
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1楼 2013-04-13 10:41:49
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青春不悔

新虫 (小有名气)
楼主，我是perl语言初学者。请问你对gff3格式的perl编程应该很了解了吧？我现在正有这方面的问题 也是把另一种格式转换成gff3格式。。 表示很纠结。
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3楼2013-05-26 01:23:25
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possetcn

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dadalia: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 23:46:27
将Togff3.pl放在与RepeatMasker.out同一个目录下，运行 perl Togff3.pl  即可：
CODE:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;

#the input filename
my $in = "RepeatMasker.out";
open IN, $in or die "Cannot open the $in:$!\n";
open OUT, ">JS.gff3" or die "Cannot create the JS.gff3:$!\n";
print OUT "##gff-versioin 3\n\n";

while (){
  if (/^\s.+\d/){
      my @LN = split /\s+/;
      print OUT "$LN[5]\tRepeatMasker\tdispersed_repeat\t$LN[6]\t$LN[7]\t$LN[1]\t$LN[9]\t\.\tTarget=$LN[10] $LN[12]\t$LN[13]\n";
  }
}
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2楼2013-04-15 17:05:49
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