应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » 其它 » perl 语言小程序求助
51/1返回列表
查看: 926  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

dadalia

木虫 (小有名气)

[求助] perl 语言小程序求助

希望从输入文件中提取一部分信息作为输出文件，需要用perl语言写，麻烦大家给个最标准的写法，这是一个小测试，不知道如何写才是最能得分的
输入文件：

   SW   perc perc perc  query                position in query        matching       repeat           position in repeat
score   div. del. ins.  sequence             begin  end      (left)   repeat         class/family   begin  end    (left)  ID

  476   22.2 11.7  4.1  AC189398-KBrB056G23    3194   3423 (103578) + ATHATN3        DNA/hAT-Ac        269    554    (0)   2  
  551    1.5  0.0  1.5  AC189398-KBrB056G23    4834   4902 (102099) + (TA)n          Simple_repeat       1     68    (0)   3

要求的输出文件：
##gff-version 3

AC189398-KBrB056G23        RepeatMasker        dispersed_repeat        3194        3423        476        +        .        Target=ATHATN3 269 554
AC189398-KBrB056G23        RepeatMasker        dispersed_repeat        4834        4902        551        +        .        Target=(TA)n 1 68

看起来可能比较乱，附件中提供了文本格式的，谢谢
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 2.rar
    • 2013-04-13 10:41:30, 738 bytes
  • 附件 2 : 2.rar
    • 2013-04-13 10:38:38, 738 bytes

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

perl语言专栏

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-13 10:41:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青春不悔

新虫 (小有名气)
楼主，我是perl语言初学者。请问你对gff3格式的perl编程应该很了解了吧？我现在正有这方面的问题 也是把另一种格式转换成gff3格式。。 表示很纠结。
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-26 01:23:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

possetcn

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dadalia: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 23:46:27
将Togff3.pl放在与RepeatMasker.out同一个目录下，运行 perl Togff3.pl  即可：
CODE:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;

#the input filename
my $in = "RepeatMasker.out";
open IN, $in or die "Cannot open the $in:$!\n";
open OUT, ">JS.gff3" or die "Cannot create the JS.gff3:$!\n";
print OUT "##gff-versioin 3\n\n";

while (){
  if (/^\s.+\d/){
      my @LN = split /\s+/;
      print OUT "$LN[5]\tRepeatMasker\tdispersed_repeat\t$LN[6]\t$LN[7]\t$LN[1]\t$LN[9]\t\.\tTarget=$LN[10] $LN[12]\t$LN[13]\n";
  }
}
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : Togff3.pl
    • 2013-04-15 17:06:02, 421 bytes
2楼2013-04-15 17:05:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 4/200 2026-11-15 10:08 by xSrQNSSjcgoX
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:43 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 5/250 2026-11-15 03:21 by xSrQNSSjcgoX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 10/500 2026-11-15 02:15 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:20 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-14 21:58 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-13 11:08 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-13 10:55 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 6/300 2026-11-12 12:42 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:26 by ECLTXnJnRSXf
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:36 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 09:46 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 09:41 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +8 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:32 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭