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dadalia

木虫 (小有名气)

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[求助] perl 语言小程序求助

希望从输入文件中提取一部分信息作为输出文件，需要用perl语言写，麻烦大家给个最标准的写法，这是一个小测试，不知道如何写才是最能得分的
输入文件：

SW perc perc perc  query             position in query       matching    repeat          position in repeat
score div. del. ins.  sequence          begin  end    (left) repeat       class/family begin  end (left)  ID

  476 22.2 11.7  4.1  AC189398-KBrB056G23 3194 3423 (103578) + ATHATN3       DNA/hAT-Ac       269 554 (0) 2
  551 1.5  0.0  1.5  AC189398-KBrB056G23 4834 4902 (102099) + (TA)n       Simple_repeat    1    68 (0) 3

要求的输出文件：
##gff-version 3

AC189398-KBrB056G23 RepeatMasker dispersed_repeat 3194 3423 476 + . Target=ATHATN3 269 554
AC189398-KBrB056G23 RepeatMasker dispersed_repeat 4834 4902 551 + . Target=(TA)n 1 68

看起来可能比较乱，附件中提供了文本格式的，谢谢

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2013-04-13 10:41:30, 738 bytes

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2013-04-13 10:38:38, 738 bytes

1楼 2013-04-13 10:41:49

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possetcn

铁虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dadalia: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 23:46:27

将Togff3.pl放在与RepeatMasker.out同一个目录下，运行 perl Togff3.pl 即可：

CODE:

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

#the input filename

my $in = "RepeatMasker.out";

open IN, $in or die "Cannot open the $in:$!\n";

open OUT, ">JS.gff3" or die "Cannot create the JS.gff3:$!\n";

print OUT "##gff-versioin 3\n\n";

while (){

  if (/^\s.+\d/){

      my @LN = split /\s+/;

      print OUT "$LN[5]\tRepeatMasker\tdispersed_repeat\t$LN[6]\t$LN[7]\t$LN[1]\t$LN[9]\t\.\tTarget=$LN[10] $LN[12]\t$LN[13]\n";

  }

}