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yushi1105

新虫 (初入文坛)

[交流] 紧急 请教大家如何使用做chip 已有1人参与

大家好 麻烦问一下
我使用的是M2-10B4 cell line 然后做成stable cell line (我表达的蛋白有180kd 有点大)通过表达Flag来进行ChIP 原先打算用sonication机械的方法打断DNA然后做sequencing 本来找到合适的lysis buffer 和时间 使得DNA片段已经在500bp左右适合seq了 但是发现Flag在长时间的机械力下(保证了低温状态) 表达非常弱(通过western blotting验证)请见附件 这样不能用来ChIP了
所以 我又打算用MNase酶切 但是多聚甲醛处理10分钟后的细胞 怎么切都切不开(不同浓度的酶和作用时间)我因为是用transcription factor的 所以不能不固定 时间短了效果也不好(labmate建议的)
所以 请问:
1.有没有大虾也遇到过sonication 后 flag tag不表达的状况
2.因为我没有试剂盒(实验室没给买)所以不知道公司的buffer的配方 我只想请问一下 做MNase之前提取核蛋白的那些溶液配方是什么 我可以自己配
紧急 紧急

图片1.jpg
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六月青予

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
看着像降解了,还是试试Native CHIP吧
至少做到没有遗憾
2楼2014-11-30 03:42:53
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