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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] NCBI

各位高手在NCBI上查找近缘种属的同一个酶的基因,是不是在Nucleotide数据库中找啊?
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每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
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Victoria2012

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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崔永霞: 金币+2, 有帮助, 谢谢 2013-04-09 10:34:46
是,不过找出来的是全长
3楼2013-04-09 10:22:07
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sunjiutong

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
崔永霞: 金币+2, 有帮助, 谢谢 2013-04-09 10:34:31
是的,我认为是这样,你最终要确定CDS才行。
所谓梦想,只有醒来才有可能实现
2楼2013-04-09 10:18:05
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sunjiutong at 2013-04-09 10:18:05
是的,我认为是这样,你最终要确定CDS才行。

你最终要确定CDS?意思是的找全场序列是吧?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
4楼2013-04-09 10:30:46
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Victoria2012 at 2013-04-09 10:22:07
是,不过找出来的是全长

找出来的是全长,是什么意思?难道是说,选序列进行比对确定保守序列的时候,悬念的序列要求是全长?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
5楼2013-04-09 10:33:35
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Victoria2012

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-04-09 10:33:35
找出来的是全长,是什么意思?难道是说,选序列进行比对确定保守序列的时候,悬念的序列要求是全长?...

不用全长,但是在Nucleotide数据库找出来的是全长
6楼2013-04-09 10:45:38
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lidonghong

金虫 (正式写手)

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崔永霞: 金币+1, 有帮助 2013-04-09 11:00:58
嗯,你的手上有没有这个酶的基因序列,如果只有酶的名称,那可以在Nucleotide和gene里直接输入酶名称就可以查出所有种属中的这个酶的基因序列,如果你有这个酶的一个种属的序列,在查找其他近源同属的酶的基因序列,你可以直接在BLAST里选择Nucleotide blast 就可以找出同源关系由近到远的其他种属的这个酶的基因序列。
生物化学与分子生物学
7楼2013-04-09 10:49:34
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lidonghong at 2013-04-09 10:49:34
嗯,你的手上有没有这个酶的基因序列,如果只有酶的名称,那可以在Nucleotide和gene里直接输入酶名称就可以查出所有种属中的这个酶的基因序列,如果你有这个酶的一个种属的序列,在查找其他近源同属的酶的基因序列, ...

我只有这个酶的名称,是想通过近缘种属的比对确定保守序列,然后设计引物!就是在NCBI上查到很多目的酶的基因序列,不确定该选部分序列还是全长序列?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
8楼2013-04-09 11:04:22
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sunjiutong at 2013-04-09 10:18:05
是的,我认为是这样,你最终要确定CDS才行。

最终要确定CDS才行是啥意思啊?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
9楼2013-04-09 11:08:51
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lidonghong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-04-09 11:04:22
我只有这个酶的名称,是想通过近缘种属的比对确定保守序列,然后设计引物!就是在NCBI上查到很多目的酶的基因序列,不确定该选部分序列还是全长序列?...

你是要先找到你的这个种属酶的基因保守序列,然后设计引物,用来检测这个酶吗?
生物化学与分子生物学
10楼2013-04-09 14:41:49
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