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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] NCBI

各位高手在NCBI上查找近缘种属的同一个酶的基因，是不是在Nucleotide数据库中找啊？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
1楼 2013-04-09 09:51:33
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Victoria2012

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
崔永霞: 金币+2, ★有帮助, 谢谢 2013-04-09 10:34:46
是，不过找出来的是全长
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3楼2013-04-09 10:22:07
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普通回帖

sunjiutong

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
崔永霞: 金币+2, ★有帮助, 谢谢 2013-04-09 10:34:31
是的，我认为是这样，你最终要确定CDS才行。
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所谓梦想，只有醒来才有可能实现
2楼2013-04-09 10:18:05
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sunjiutong at 2013-04-09 10:18:05
是的，我认为是这样，你最终要确定CDS才行。

你最终要确定CDS?意思是的找全场序列是吧？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
4楼2013-04-09 10:30:46
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Victoria2012 at 2013-04-09 10:22:07
是，不过找出来的是全长

找出来的是全长，是什么意思？难道是说，选序列进行比对确定保守序列的时候，悬念的序列要求是全长？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
5楼2013-04-09 10:33:35
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Victoria2012

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-04-09 10:33:35
找出来的是全长，是什么意思？难道是说，选序列进行比对确定保守序列的时候，悬念的序列要求是全长？...

不用全长，但是在Nucleotide数据库找出来的是全长
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6楼2013-04-09 10:45:38
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
崔永霞: 金币+1, ★有帮助 2013-04-09 11:00:58
嗯，你的手上有没有这个酶的基因序列，如果只有酶的名称，那可以在Nucleotide和gene里直接输入酶名称就可以查出所有种属中的这个酶的基因序列，如果你有这个酶的一个种属的序列，在查找其他近源同属的酶的基因序列，你可以直接在BLAST里选择Nucleotide blast 就可以找出同源关系由近到远的其他种属的这个酶的基因序列。
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生物化学与分子生物学
7楼2013-04-09 10:49:34
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lidonghong at 2013-04-09 10:49:34
嗯，你的手上有没有这个酶的基因序列，如果只有酶的名称，那可以在Nucleotide和gene里直接输入酶名称就可以查出所有种属中的这个酶的基因序列，如果你有这个酶的一个种属的序列，在查找其他近源同属的酶的基因序列， ...

我只有这个酶的名称，是想通过近缘种属的比对确定保守序列，然后设计引物！就是在NCBI上查到很多目的酶的基因序列，不确定该选部分序列还是全长序列？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
8楼2013-04-09 11:04:22
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sunjiutong at 2013-04-09 10:18:05
是的，我认为是这样，你最终要确定CDS才行。

最终要确定CDS才行是啥意思啊？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
9楼2013-04-09 11:08:51
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lidonghong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-04-09 11:04:22
我只有这个酶的名称，是想通过近缘种属的比对确定保守序列，然后设计引物！就是在NCBI上查到很多目的酶的基因序列，不确定该选部分序列还是全长序列？...

你是要先找到你的这个种属酶的基因保守序列，然后设计引物，用来检测这个酶吗？
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生物化学与分子生物学
10楼2013-04-09 14:41:49
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