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hunter2010铁杆木虫 (著名写手)
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关于多个castep jo在linux下的运行问题
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遇到和http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=806170帖子里面相同问题，望大家解答下。 复制下帖子内容 我遇到的问题主要是关于多个castep的job的在执行过程中的关系问题，我按照自己的理解把我遇到的问题描述如下，我百思不得其解，请大家讨论帮忙： 比如我要计算锗的声子散射谱，同时计算态密度，则发现用materials studio生成的输入文件是如下的一大堆： ====================== 2008-04-29 22:59 275 Ge.trjaux 2008-04-29 22:59 677 Ge.param 2008-04-29 22:59 15,947 Ge.cell 2008-04-29 22:59 731 Ge.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDisp.param 2008-04-29 22:59 17,493 Ge_PhonDisp.cell 2008-04-29 22:59 367 Ge_PhonDisp.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDOS.param 2008-04-29 22:59 17,561 Ge_PhonDOS.cell 2008-04-29 22:59 3,795 Ge_PhonDOS.kptaux ======================= 经过分析，发现，上面由三个job,他们的任务的basename分别是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS。 首先，我上面的这些文件是通过materials studio 中的计算声子的设置得到的，具体的计算设置见我附件中的抓图。 经过上面的设置，可以得到上面的那些输入文件，这些输入文件，如果在materials studio 中运行的时候，我们也不用去考虑什么，但是，我就是，不明白，这些输入文件，如果拿到linux下怎样去具体的执行他们，我的意思，还是说这些job之间在运行的时候的关系。 我曾经在上海超级计算中心的曙光4000A的机器上首先执行Ge 这个job， 然后，再分别执行Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS这两个job，都不能成功运行，但是，在我的windows下的materials studio 图形用户界面里提交，就不会有任何问题。 总之，我的问题是：如果用materials studio 图形用户界面为castep生成输入文件的话，如果一次性生成的输入文件有多 个cell和param文件，这时候，怎么样在上海超级计算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正确的提交这些job来执行这样的castep任务啊？ 非常疑惑！ |
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hunter2010
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楼上的我们还见过面哈，你这网名暴露了你的身份了，哈哈。 
3楼2013-04-09 10:53:56
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实际上MS的Help文档中有说明的，你还需要复制check文件为相应的seedname 另外一个方便的方法是提交任务时，直接RunCASTEP.sh -np 8 Ge Ge_PhonDisp Ge_PhonDOS 这样就可以像windows下的那样连续计算了 |
2楼2013-04-09 09:17:38
hunter2010
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4楼2013-04-09 11:13:59
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一样的，就相当于是win界面下的能量计算再算性质和几何优化后再算性质 lsf脚本的话，得看脚本例子是怎么样的，不过一般都差不多 比如： #!/bin/sh JOB_NAME_1="Ge" JOB_NAME_2="Ge_PhonDisp" JOB_NAME_3="Ge_PhonDOS" NP=64 APP_NAME=AMD_small RUN=" RAW" for host in $LSB_HOSTS do echo $host done > machines.LINUX export DSD_MachineList="./machines.LINUX" RunCASTEP.sh -np $NP $JOB_NAME_1 $JOB_NAME_2 $JOB_NAME_3 |
5楼2013-04-09 12:36:59
