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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】关于多个castep job的关系及其在linux下的运行问题。
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zhaohscas1976

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】关于多个castep job的关系及其在linux下的运行问题。

我遇到的问题主要是关于多个castep的job的在执行过程中的关系问题，我按照自己的理解把我遇到的问题描述如下，我百思不得其解，请大家讨论帮忙：

比如我要计算锗的声子散射谱，同时计算态密度，则发现用materials studio生成的输入文件是如下的一大堆：

======================
2008-04-29  22:59               275 Ge.trjaux
2008-04-29  22:59               677 Ge.param
2008-04-29  22:59            15,947 Ge.cell
2008-04-29  22:59               731 Ge.kptaux
2008-04-29  22:59               445 Ge_PhonDisp.param
2008-04-29  22:59            17,493 Ge_PhonDisp.cell
2008-04-29  22:59               367 Ge_PhonDisp.kptaux
2008-04-29  22:59               445 Ge_PhonDOS.param
2008-04-29  22:59            17,561 Ge_PhonDOS.cell
2008-04-29  22:59             3,795 Ge_PhonDOS.kptaux
=======================

经过分析，发现，上面由三个job,他们的任务的basename分别是：Ge、Ge_PhonDisp  和Ge_PhonDOS。


首先，我上面的这些文件是通过materials studio 中的计算声子的设置得到的，具体的计算设置见我附件中的抓图。

经过上面的设置，可以得到上面的那些输入文件，这些输入文件，如果在materials studio 中运行的时候，我们也不用去考虑什么，但是，我就是，不明白，这些输入文件，如果拿到linux下怎样去具体的执行他们，我的意思，还是说这些job之间在运行的时候的关系。

我曾经在上海超级计算中心的曙光4000A的机器上首先执行Ge 这个job， 然后，再分别执行Ge_PhonDisp  和Ge_PhonDOS这两个job，都不能成功运行，但是，在我的windows下的materials studio 图形用户界面里提交，就不会有任何问题。

总之，我的问题是：如果用materials studio 图形用户界面为castep生成输入文件的话，如果一次性生成的输入文件有多
个cell和param文件，这时候，怎么样在上海超级计算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正确的提交这些job来执行这样的castep任务啊？

非常疑惑！
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1楼2008-05-05 12:06:24
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truemantwo

木虫 (正式写手)
兄台，下载附件是要金币的，不如直接把图贴出来。
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2楼2008-05-05 17:34:48
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mink

至尊木虫 (著名写手)

关于properties运算的问题

★ ★ ★ ★
zzgyb(金币+4,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
三个job,他们的任务的basename分别是：Ge、Ge_PhonDisp  和Ge_PhonDOS
你写一个脚本，在计算完Ge job后，将Ge.check文件cp成Ge_PhonDisp.check  Ge_PhonDOS.check
然后运行，就可以了。
.check文件是体系的电子波函数数据以及体系的其他关键数据记录文件或者有人称是检查点文件，后续计算需要在这个基础上进行的。

图形界面是因为有一个后台程序在处理这个工作。

参阅：
help\Remote CASTEP jobs\Running CASTEP in standalone mode


If you wish to calculate properties, you should execute the script for the main run first:

RunCASTEP.sh -np 4 seedname

When that run is complete, you should make copies of the .check file that will be used in all subsequent properties runs:

cp seedname.check seedname_BandStr.check
cp seedname.check seedname_DOS.check
cp seedname.check seedname_Optics.check

When the appropriate copies have been made, execute RunCASTEP for each properties run:

RunCASTEP.sh -np 2 seedname_DOS
RunCASTEP.sh -np 2 seedname_BandStr
RunCASTEP.sh -np 4 seedname_Optics

These jobs can be run independently because they do not share input or output files.

[ Last edited by mink on 2008-5-6 at 17:41 ]
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╱�?█◣要厚道!!
3楼2008-05-06 17:33:28
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zhaohscas1976

银虫 (小有名气)

仍然会遇到错误！

你好,

按照你的说明，我进行了计算，就是在主基本计算完成后，copy那个生成的check文件，但是在后续的计算中遇到了下面的错误，而在materails sutio中则不会有错误发生：

====================
secondd_phonon_linear_response: variable occupancy (metallic) systems are not supported
=======================
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4楼2008-05-11 12:27:33
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