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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于多个castep jo在linux下的运行问题
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hunter2010

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 关于多个castep jo在linux下的运行问题

遇到和http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=806170帖子里面相同问题，望大家解答下。

复制下帖子内容

我遇到的问题主要是关于多个castep的job的在执行过程中的关系问题，我按照自己的理解把我遇到的问题描述如下，我百思不得其解，请大家讨论帮忙：

比如我要计算锗的声子散射谱，同时计算态密度，则发现用materials studio生成的输入文件是如下的一大堆：

======================
2008-04-29  22:59               275 Ge.trjaux
2008-04-29  22:59               677 Ge.param
2008-04-29  22:59            15,947 Ge.cell
2008-04-29  22:59               731 Ge.kptaux
2008-04-29  22:59               445 Ge_PhonDisp.param
2008-04-29  22:59            17,493 Ge_PhonDisp.cell
2008-04-29  22:59               367 Ge_PhonDisp.kptaux
2008-04-29  22:59               445 Ge_PhonDOS.param
2008-04-29  22:59            17,561 Ge_PhonDOS.cell
2008-04-29  22:59             3,795 Ge_PhonDOS.kptaux
=======================

经过分析，发现，上面由三个job,他们的任务的basename分别是：Ge、Ge_PhonDisp  和Ge_PhonDOS。


首先，我上面的这些文件是通过materials studio 中的计算声子的设置得到的，具体的计算设置见我附件中的抓图。

经过上面的设置，可以得到上面的那些输入文件，这些输入文件，如果在materials studio 中运行的时候，我们也不用去考虑什么，但是，我就是，不明白，这些输入文件，如果拿到linux下怎样去具体的执行他们，我的意思，还是说这些job之间在运行的时候的关系。

我曾经在上海超级计算中心的曙光4000A的机器上首先执行Ge 这个job， 然后，再分别执行Ge_PhonDisp  和Ge_PhonDOS这两个job，都不能成功运行，但是，在我的windows下的materials studio 图形用户界面里提交，就不会有任何问题。

总之，我的问题是：如果用materials studio 图形用户界面为castep生成输入文件的话，如果一次性生成的输入文件有多
个cell和param文件，这时候，怎么样在上海超级计算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正确的提交这些job来执行这样的castep任务啊？

非常疑惑！
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1楼 2013-04-09 04:49:38
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hunter2010: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-04-09 10:54:16
hunter2010: 金币+25, ★★★★★最佳答案 2013-04-09 23:31:04
实际上MS的Help文档中有说明的，你还需要复制check文件为相应的seedname
另外一个方便的方法是提交任务时，直接RunCASTEP.sh -np 8 Ge Ge_PhonDisp  Ge_PhonDOS
这样就可以像windows下的那样连续计算了
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2楼2013-04-09 09:17:38
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hunter2010

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xujc1983 at 2013-04-09 09:17:38
实际上MS的Help文档中有说明的，你还需要复制check文件为相应的seedname
另外一个方便的方法是提交任务时，直接RunCASTEP.sh -np 8 Ge Ge_PhonDisp  Ge_PhonDOS
这样就可以像windows下的那样连续计算了

楼上的我们还见过面哈，你这网名暴露了你的身份了，哈哈。
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3楼2013-04-09 10:53:56
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hunter2010

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xujc1983 at 2013-04-09 09:17:38
实际上MS的Help文档中有说明的，你还需要复制check文件为相应的seedname
另外一个方便的方法是提交任务时，直接RunCASTEP.sh -np 8 Ge Ge_PhonDisp  Ge_PhonDOS
这样就可以像windows下的那样连续计算了

我看getaway是先跑单点能，然后在计算性质。几何优化的check文件是否可以用来计算性质呢？当然参数完全一样的。

还有一点就是如何用.lsf脚本来使用简单方法呢？
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4楼2013-04-09 11:13:59
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
4楼: Originally posted by hunter2010 at 2013-04-09 11:13:59
我看getaway是先跑单点能，然后在计算性质。几何优化的check文件是否可以用来计算性质呢？当然参数完全一样的。

还有一点就是如何用.lsf脚本来使用简单方法呢？...

一样的，就相当于是win界面下的能量计算再算性质和几何优化后再算性质
lsf脚本的话，得看脚本例子是怎么样的，不过一般都差不多
比如：
#!/bin/sh

JOB_NAME_1="Ge"
JOB_NAME_2="Ge_PhonDisp"
JOB_NAME_3="Ge_PhonDOS"
NP=64
APP_NAME=AMD_small
RUN=" RAW"
for host in $LSB_HOSTS
do
echo $host
done > machines.LINUX
export DSD_MachineList="./machines.LINUX"
RunCASTEP.sh -np $NP $JOB_NAME_1 $JOB_NAME_2 $JOB_NAME_3
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5楼2013-04-09 12:36:59
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hunter2010

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xujc1983 at 2013-04-09 12:36:59
一样的，就相当于是win界面下的能量计算再算性质和几何优化后再算性质
lsf脚本的话，得看脚本例子是怎么样的，不过一般都差不多
比如：
#!/bin/sh

JOB_NAME_1="Ge"
JOB_NAME_2="Ge_PhonDisp ...

要复制几何优化的check文件，单点能check文件无法计算的，会提示几何优化未完成，多谢了噢。
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6楼2013-04-09 23:30:25
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