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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-17 14:14:48
是的,你可以算一下金原子和多糖原子之间的作用能,看是否为0,当然如果设置电荷的话会有静电作用能。
DL_POLY是免费的,需要在Linux上运行,力场参数可以从文献里找吧...

我之前算的不是0,没有定义电荷,我看了下pcff力场适合多糖的相互作用,也有金的LJ参数,在MS的help文件里看到的,这个金和其他原子之间的定义我还真不知道怎么看啊,我之前没有接触过,能否指点下?
11楼2013-05-17 15:16:08
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voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yida: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-05-18 15:44:07
我之前用的是COMPASS力场,写信问过孙淮老师,他说这种金属力场只能用于金属本体,pcff应该也是类似吧,你可以写信问一下pcff的作者
我觉得还是DL_POLY好一些,自己可以设置力场参数,MS里的力场都是保密的
12楼2013-05-18 09:41:43
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-18 09:41:43
我之前用的是COMPASS力场,写信问过孙淮老师,他说这种金属力场只能用于金属本体,pcff应该也是类似吧,你可以写信问一下pcff的作者
我觉得还是DL_POLY好一些,自己可以设置力场参数,MS里的力场都是保密的

谢谢,麻烦问下你跑动力学的平衡标准是什么啊?是能量-时间和温度-时间曲线稳定吗?
13楼2013-05-18 15:45:20
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voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yida: 金币+5, 有帮助 2013-05-19 20:14:39
最后是要看能量是否稳定吧
14楼2013-05-19 13:58:32
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-19 13:58:32
最后是要看能量是否稳定吧

谢谢,能否帮我看下这个帖子?http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5909523
15楼2013-05-19 20:14:27
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-19 13:58:32
最后是要看能量是否稳定吧

再麻烦问下能量稳定的标准是什么啊?是不同的体系对能量波动阈值的要求不同吗?
16楼2013-05-19 20:16:07
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zhenjiemo

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-19 20:40:15
看收敛图,一般波动不大就算平衡。控制在5%吧一般。
17楼2014-03-19 17:49:22
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-17 14:14:48
是的,你可以算一下金原子和多糖原子之间的作用能,看是否为0,当然如果设置电荷的话会有静电作用能。
DL_POLY是免费的,需要在Linux上运行,力场参数可以从文献里找吧...

做糖分析的不多,别的化合物(比如蛋白质)中某个原子的力场参数可以用到糖里吗?
18楼2014-03-25 09:36:51
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小龙也123

新虫 (初入文坛)

你好 能给我发一段你退火那部分的程序么 我学习一下
19楼2014-09-11 11:05:24
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
19楼: Originally posted by 小龙也123 at 2014-09-11 11:05:24
你好 能给我发一段你退火那部分的程序么 我学习一下

我就直接操作的升温降温,没有程序,直接操作的
20楼2014-09-11 20:47:53
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