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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-17 14:14:48
是的，你可以算一下金原子和多糖原子之间的作用能，看是否为0，当然如果设置电荷的话会有静电作用能。
DL_POLY是免费的，需要在Linux上运行，力场参数可以从文献里找吧...

我之前算的不是0，没有定义电荷，我看了下pcff力场适合多糖的相互作用，也有金的LJ参数，在MS的help文件里看到的，这个金和其他原子之间的定义我还真不知道怎么看啊，我之前没有接触过，能否指点下？
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11楼2013-05-17 15:16:08
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voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yida: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-05-18 15:44:07
我之前用的是COMPASS力场，写信问过孙淮老师，他说这种金属力场只能用于金属本体，pcff应该也是类似吧，你可以写信问一下pcff的作者
我觉得还是DL_POLY好一些，自己可以设置力场参数，MS里的力场都是保密的
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12楼2013-05-18 09:41:43
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-18 09:41:43
我之前用的是COMPASS力场，写信问过孙淮老师，他说这种金属力场只能用于金属本体，pcff应该也是类似吧，你可以写信问一下pcff的作者
我觉得还是DL_POLY好一些，自己可以设置力场参数，MS里的力场都是保密的

谢谢，麻烦问下你跑动力学的平衡标准是什么啊？是能量-时间和温度-时间曲线稳定吗？
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13楼2013-05-18 15:45:20
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voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yida: 金币+5, ★有帮助 2013-05-19 20:14:39
最后是要看能量是否稳定吧
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14楼2013-05-19 13:58:32
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-19 13:58:32
最后是要看能量是否稳定吧

谢谢，能否帮我看下这个帖子？http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5909523
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15楼2013-05-19 20:14:27
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-19 13:58:32
最后是要看能量是否稳定吧

再麻烦问下能量稳定的标准是什么啊？是不同的体系对能量波动阈值的要求不同吗？
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16楼2013-05-19 20:16:07
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zhenjiemo

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-19 20:40:15
看收敛图，一般波动不大就算平衡。控制在5%吧一般。
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17楼2014-03-19 17:49:22
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-17 14:14:48
是的，你可以算一下金原子和多糖原子之间的作用能，看是否为0，当然如果设置电荷的话会有静电作用能。
DL_POLY是免费的，需要在Linux上运行，力场参数可以从文献里找吧...

做糖分析的不多，别的化合物（比如蛋白质）中某个原子的力场参数可以用到糖里吗？
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18楼2014-03-25 09:36:51
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小龙也123

新虫 (初入文坛)
你好 能给我发一段你退火那部分的程序么 我学习一下
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19楼2014-09-11 11:05:24
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 小龙也123 at 2014-09-11 11:05:24
你好 能给我发一段你退火那部分的程序么 我学习一下

我就直接操作的升温降温，没有程序，直接操作的
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20楼2014-09-11 20:47:53
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